类型错误：get_properties() 缺少 1 个必需的位置参数：“标识符”

如何解决类型错误：get_properties() 缺少 1 个必需的位置参数：“标识符”

我一直在尝试使用 pubchemPy 在 python 上找出这个错误，但我被卡住了。 我正在尝试输入化学品列表并为大约 200 种化学品的列表生成规范微笑信息。 这是我正在使用的代码

for i in List_of_Chemicals['Chemical name']:
    prop = pcp.get_properties(['CanonicalSMILES'])

任何帮助将不胜感激

解决方法

看起来您将一个列表传递到 get_properties() 中，但它不接受一个列表，但可以接受几个不同的参数。以下是当前文档的摘录：

get_properties 函数允许检索特定属性，而无需处理整个复合记录。这对于一次检索大量化合物的属性特别有用：

p = pcp.get_properties('IsomericSMILES','CC','smiles',searchtype='superstructure')

https://pubchempy.readthedocs.io/en/latest/guide/properties.html

您的问题在有用的细节方面缺乏很多，但我想您实际上想要这样的东西：

for i in List_of_Chemicals['Chemical name']:
    prop = pcp.get_properties(i)

,

第二次编辑：此代码从名称列表到获取 cid 和属性：

import pubchempy as pcp

# list of chemical names
List_of_Chemicals = ['benzene','toluene','2-nonenal']

for chemical_name in List_of_Chemicals:

    cid=pcp.get_cids(chemical_name)
    prop = pcp.get_properties('CanonicalSMILES',cid)
    print (chemical_name + ' ' + str(prop))

get_properties 需要 cid 作为必需参数。您不能传递化学名称。因此，您需要一个中间步骤来获取与带有 pcp.get_cids 的名称相对应的标识符列表，我在上面的代码中已完成此操作。