从 Java - 编程之家

如何解决从 Java

我目前正在使用适用于 Java 的 Quarkus 框架开发微服务。 Quarkus 允许直接构建一个容器，该容器使用 Maven 以 JVM 模式运行应用程序。这很有效，我可以启动容器，然后从我的主机查询暴露的端口。图像基于 RedHat 提供的 ubi-minimal 图像。

对于数据处理，我需要一个名为 tabix 的实用程序，它包含在名为 htslib 的包中。我的第一个预感是将它安装在容器内，这样无论启动容器的机器都不需要安装 tabix/htslib：

FROM registry.access.redhat.com/ubi8/ubi-minimal:8.3 

ARG JAVA_PACKAGE=java-11-openjdk-headless
ARG RUN_JAVA_VERSION=1.3.8
ENV LANG='en_US.UTF-8' LANGUAGE='en_US:en'

# Install java and the run-java script
# Also set up permissions for user `1001`
RUN microdnf install curl ca-certificates ${JAVA_PACKAGE} make tar gcc bzip2 \
    && microdnf update \
    && microdnf clean all \
    && mkdir /deployments \
    && chown 1001 /deployments \
    && chmod "g+rwX" /deployments \
    && chown 1001:root /deployments \
    && curl https://repo1.maven.org/maven2/io/fabric8/run-java-sh/${RUN_JAVA_VERSION}/run-java-sh-${RUN_JAVA_VERSION}-sh.sh -o /deployments/run-java.sh \
    && chown 1001 /deployments/run-java.sh \
    && chmod 540 /deployments/run-java.sh \
    && echo "securerandom.source=file:/dev/urandom" >> /etc/alternatives/jre/conf/security/java.security

# Configure the JAVA_OPTIONS,you can add -XshowSettings:vm to also display the heap size.
ENV JAVA_OPTIONS="-Dquarkus.http.host=0.0.0.0 -Djava.util.logging.manager=org.jboss.logmanager.LogManager"
# We make four distinct layers so if there are application changes the library layers can be re-used
copY --chown=1001 target/quarkus-app/lib/ /deployments/lib/
copY --chown=1001 target/quarkus-app/*.jar /deployments/
copY --chown=1001 target/quarkus-app/app/ /deployments/app/
copY --chown=1001 target/quarkus-app/quarkus/ /deployments/quarkus/

# Set up htslib
RUN mkdir /package \
    && chown 1001 /package \
    && chmod g+rwX /package \
    && chown 1001:root /package \
    && curl -LJ https://github.com/samtools/htslib/releases/download/1.12/htslib-1.12.tar.bz2 -o /package/htslib.zip \
    && tar xjvf /package/htslib.zip \
    && ls -l

# Install htslib
workdir /htslib-1.12/
RUN microdnf install zlib-devel bzip2-devel xz-devel \
    && microdnf update \
    && ./configure
RUN make \
    && make install

EXPOSE 8085
USER 1001

ENTRYPOINT [ "/deployments/run-java.sh" ]

这似乎有效，至少当我进入容器时我可以调用 tabix。但是，问题是现在我想直接从 Java 代码中调用它。我尝试使用 ProcessBuilder:

String[] command = new String[] {
            "tabix",FILEPATH+filename
        };
        ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder(command);
        pb.redirectErrorStream(true);
        pb.redirectInput(ProcessBuilder.Redirect.INHERIT);
        try {
            final Process p = pb.start();
            p.waitFor();
        } catch (Exception e) {
            System.out.println("Exception occurred while creating tabix index file");
        }

我希望这里的方法做的是从我安装到容器中的变体调用格式文件创建一个索引文件 (.tbi)。这适用于我的机器，它安装了 tabix。但是，当我尝试在另一台机器上执行此操作时，即使我使用的是完全相同的容器映像和文件，它也不起作用并且不提供任何输出。这就是为什么我怀疑 ProcessBuilder 实际上是在主机上而不是在 docker 容器内调用 tabix，这对我来说似乎很奇怪/不安全，但我正在努力想出另一种解释。
无论如何，如果可能的话，我将不胜感激有关如何在容器内执行流程的任何帮助或任何其他建议。谢谢！