如何解决R bookdown:“r”块阻止“python”块的图形输出
两个 {python} 块使用 matplotlib 生成绘图。如果我在它们之间放置一个 {r} 块,则 knitr 将第一个图替换为第二个图。有人知道如何解决这种行为吗?
最小示例 Rmd 文件:
---
title: "Error demo"
date: "`r Sys.Date()`"
---
```{r setup,include=FALSE}
library(reticulate)
use_condaenv('/Users/XXXX/opt/anaconda3/envs/r-env1',required = TRUE)
```
```{python,echo=FALSE}
import matplotlib.pyplot as plt
plt.plot([4,1,2,0],'r-')
```
```{r,echo = FALSE}
# an r chunk between the python chunks suppresses the first plot
```
```{python,echo=FALSE}
plt.plot([0,4],'g-')
```
构建输出包含第二个图的两个版本。这是 HTML 输出的相关部分:
<div id="header">
<h1 class="title">Error demo</h1>
<p class="date" style="margin-top: 1.5em;"><em>2021-05-07</em></p>
</div>
<p><img src="MIB-R_files/figure-html/unnamed-chunk-1-1.png" width="672" /></p>
<p><img src="MIB-R_files/figure-html/unnamed-chunk-1-1.png" width="672" /></p>
版本信息:
- MacOS:达尔文 20.3.0
- Python:3.9.2 |由 conda-forge 打包
- RStudio:1.4.1106
- 降价:2.8
- knitr:1.33
- 网状:1.20
解决方法
通过重建整个 R 环境解决了这个问题。现在我的 bookdown 项目构建良好。也许包之间存在一些冲突。如果您遇到类似的问题,这里是我当前的 R 包版本列表:
askpass 1.1 base64enc 0.1-3 BH 1.72.0-3 bookdown 0.21.6 brew 1.0-6 brio 1.1.2 bslib 0.2.4 cachem 1.0.4 callr 3.7.0 cli 2.5.0 clipr common cry.7.1 1.3.4 凭据 1.3.0 curl 4.3 desc 1.3.0 devtools 2.4.1 diffobj 0.3.4 摘要 0.6.27 省略号 0.3.1 评估 0.14 fansi 0.4.2 fastmap 1.1.0 fs 1.5.0 .03.1gh1gh1 0 gitcreds 0.1.1 胶水 1.4.2 highr 0.8 htmltools 0.5.1.1 httpuv 1.5.4 httr 1.4.2 ini 0.3.1 jquerylib 0.1.3 jsonlite 1.7.2 knitr 1.30.4 之后 1.0.rit2 生命周期 1.0.rit2 生命周期1 markdown 1.1 memoise 2.0.0 mime 0.9 openssl 1.4.3 packrat 0.6.0 支柱 1.6.0 pkgbuild 1.2.0 pkgconfig 2.0.3 pkgload 1.2.1 png 0.1-7 赞美 1.0.0 漂亮单位 1.1.1 过程x 3.5.2 承诺 1.1.1 ps 1.6.0 purrr. 623 0 rappdirs 0.3.1 rcmdcheck 1.3.3 Rcpp 1.0.5 rematch2 2.1.2 遥控器 2.3.0 renv 0.13.2 网状 1.18-9000 rlang 0.4.9 rmarkdown 2.6.0003 .1rroxygen2.12.0003 .1rroxygen2.12.00003 0.13 rversions 2.0.2 sass 0.3.1 sessioninfo 1.1.1 Shiny 1.6.0 sourcetools 0.1.7 stringi 1.5.3 stringr 1.4.0 sys 3.4 testthat 3.0.2 tibble 3.1.1 tinytex 2f.1utthis 0.28.1utthis.1utthis 0.3.8 waldo 0.2.5 晶须 0.4 withr 2.3.0 xfun 0.19 xml2 1.3.2 xopen 1.0.0 xtable 1.8-4 yaml 2.2.1 zip 2.1.1
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