使用 Graphviz 绘制 NetworkX 图

如何解决使用 Graphviz 绘制 NetworkX 图

我正在尝试绘制“Spring Layout”类型的图表。我可以使用 NetworkX 这样做，但是我得到了一个无法整理的混乱图表。我有一个 250 个分支图，表示一个具有回路和几个径向分支的电路。

我了解到可以使用 Graphviz 优化节点放置。确实，NetworkX 似乎具有与 Graphviz 的链接功能，例如 nx.nx_pydot.graphviz_layout(G)

我尝试使用它，但收到以下错误消息：

pos = nx.nx_pydot.graphviz_layout(G) 文件 “C:\Python27\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_pydot.py”，行 261，在graphviz_layout 返回 pydot_layout(G=G,prog=prog,root=root,**kwds) 文件“C:\Python27\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_pydot.py”，行第310话 D_bytes = P.create_dot(prog=prog) File "C:\Python27\lib\site-packages\pydot.py",line 1734,in new_method format=f,encoding=encoding) 文件 "C:\Python27\lib\site-packages\pydot.py",line 1933,in create 引发 OSError(*args) OSError: [Errno 2] 在路径中找不到“neato”。

我已经正确安装了这两个库，并通过键入以下内容将它们包含在我的 Python 代码中：

import networkx as nx
import graphviz as gv

我是否应该安装任何其他库以使其正常工作？

任何帮助都会受到欢迎。谢谢。

Eneko。

解决方法

通过添加import pydot并使用pos = nx.nx_pydot.graphviz_layout(G,prog,root)设置节点位置解决了该问题确实，它适用于以下 pos = nx.nx_pydot.pydot_layout(G)

最后，我的代码如下所示：

G = nx.Graph()
G.add_weighted_edges_from(BranchList)
prog='neato'
root=None
# pos = nx.nx_pydot.graphviz_layout(G,root)
pos = nx.nx_pydot.pydot_layout(G)
plt.figure()    
nx.draw(G,pos,edge_color='black',width=1,linewidths=1,node_size=10,node_color='blue',alpha=0.9)
plt.axis('on')
plt.show()

请注意，我将两种可能的节点定位 pos= 解决方案之一保留为注释行。

干杯。内科