如何解决如何在不退出远程服务器上的 R 的情况下恢复 X11 连接
简短版本:在远程机器上工作时,如何从 R 中重新启动丢失的 X11 连接?
长版:
- 设置
我使用 Mac 11.1 并连接到远程 Linux 服务器以在 R 中编写代码(通过 Nvim-R)。我使用的步骤通常是:
ssh -Y login@remote.server
screen -r my_R_work_session
conda activate my_environment
nvim code.r
然后键入 \rf
命令以在 nvim
中打开 R 终端。
然后我可以在 R 中绘制任何内容(例如,使用 plot(iris)
)。该图会在我的 Mac 上的外部窗口(通过 X11
/ XQuartz
)中弹出。它通常在开始时工作正常。
- 问题
但在某些时候,我可能会失去与服务器的连接一秒钟(互联网故障,vpn 停止......),当我恢复与服务器的连接时,一切似乎都正常(main {{ 1}} 连接)X11 连接除外。
此时,任何 ssh
的输出将是:
plot(iris)
我目前找到的唯一解决方案是启动到服务器的新 ssh 连接,然后重新执行整个过程,直到启动 R 会话并绘制内容。有时,仅关闭 Error in .External2(C_X11,d$display,d$width,d$height,d$pointsize,:
unable to start device X11cairo
In addition: Warning message:
In function (display = "",width,height,pointsize,gamma,bg,:
unable to open connection to X11 display ''
会话有效,但我仍然需要重新加载 screen
和我的 conda
会话。但这很耗时(而且很烦人),我猜可能有更好的解决方案。
- 我也尝试过(但没有改变任何东西)
我发现很多帖子都在用谷歌搜索这个错误,但仍然没有可以解决这个问题。
- 检查 R
在失去 X11 连接之前,capabilities()
的输出为:
capabilities()
在失去 X11 连接后,唯一的区别是 jpeg png tiff tcltk X11 aqua
TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE FALSE
http/ftp sockets libxml fifo cledit iconv
TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
NLS profmem cairo ICU long.double libcurl
TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE
被设置为 X11
。
- 检查 FALSE
参考 this post,我检查了 disPLAY
,但似乎一切正常。
在终端中(在启动 R 之前或在 r 运行时):
disPLAY
在 R 中:
> echo $disPLAY
localhost:10.0
我尝试设置 > Sys.getenv("disPLAY")
localhost:10.0
但没有任何区别。
- Sys.setenv("disPLAY"=":0.0")
This post 建议将 X11UseLocalhost
中的 X11UseLocalhost no
更改为 X11UseLocalhost yes
,但这对我没有任何影响。
- /etc/ssh/sshd_config
最后,我按照 this post 的建议(可能是最有希望的)尝试使用 Xpra
,但也没有任何区别。虽然在这里我不确定我是否正确使用它。这是我所做的:
Xpra
非常感谢您的任何评论和帮助!
解决方法
对于遇到这篇文章的任何人,我最终找到了一个超级简单的解决方案:您只需要在当前会话的同时启动一个新的 ssh -Y
连接。然后可以将当前会话中的 DISPLAY
参数重定向到新连接中的值。
这里有一个更详细的例子。
在当前会话中(在开始新的 ssh 连接之前),如果您在 R
终端中尝试:
> capabilites() # returns X11 = FALSE
> Sys.getenv('DISPLAY') # returns localhost:xx.0
localhost:12.0
> x11('localhost:12.0') # returns error message
现在您并行启动新的 ssh 连接:ssh -Y login@remote.server
。您需要在这个新会话中找到 DISPLAY
的值,例如:
在 bash 中:
$ echo $DISPLAY
localhost:13.0
或者在 R 中:
> Sys.getenv('DISPLAY')
localhost:13.0
最后,在原R终端中,将DISPLAY
参数设置为新的连接值:
> Sys.setenv('DISPLAY' = 'localhost:13.0')
> x11('localhost:13.0') # or x11() - both should work
还有一个选择,就是修改ssh配置文件(ForwardX11Timeout
)中~/.ssh/config
的值。默认情况下,它通常设置为 ~20 分钟(请参阅 man ssh
)。您可以尝试将其设置为一天(或更多),例如:ForwardX11Timeout 1d
。如果 X11
打开少于 24 小时,这将防止它在任何工作会话期间停止。您甚至可以在此配置文件中设置 ForwardX11Trusted yes
。但是,这些选项可能会导致安全漏洞,因此需要谨慎考虑。
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