如何解决qiime2R - qiime 到 phyloseq
我目前在 qiime2R 中遇到了一些麻烦。我正在学习教程并卡在这里：
unwunifrac
unwunifrac <- read_qza("unweighted_unifrac_pcoa_results.qza")
unwunifrac$data$Vectors %>%
select(SampleID,PC1,PC2) %>%
left_join(Metadata) %>%
left_join(shannon)
ggplot(aes(x=PC1,y=PC2,color=`SPT_No`,shape=`Geosmin`,size=shannon_entropy)) +
geom_point(alpha=0.5) +
theme_q2r() +
scale_shape_manual(values=c(16,1),name="Geosmin") +
scale_size_continuous(name="Geosmin") +
scale_color_discrete(name="Location")
这是因为我的 sampleid 在我的元数据和 shannon 向量中称为 sampleid，但在未加权的 unifrac qza 文件中称为 SampleID。
任何帮助将不胜感激。
非常感谢
解决方法
您遇到的这个问题不清楚。您能否尝试发布一些内容来重现您从 q2R 收到的任何错误消息？
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