如何解决测试套件失败后如何防止snakemake停止?
我正在尝试使用 snakemake 自动化集成测试(我需要一些文件的输出,所以这似乎是一个很好的工具)。但是,当我需要在 pytest 中运行两个测试套件时,如果任一套件中的单个测试失败,工作流就会停止。例如,我有:
rule run_tests:
run:
commands = [
"pytest test_that_should_fail","pytest test_that_should_succeed"
]
for c in commands:
shell(c)
而且我需要后一个测试应该失败的测试输出。有没有办法防止snakemake在运行“pytest test_that_should_fail”后停止?此外,snakemake 停止而没有任何类型的错误消息只是一个通用的:“规则 run_tests 中的错误:jobid:0”
解决方法
你可以这样写:
commands = [
"pytest test_that_should_fail || true","pytest test_that_should_succeed || true",]
然后shell命令的退出代码为0,表示成功,从而继续执行其他命令。
编辑:
这是解决问题的一种简单方法,不是@bli 指出的最干净也不是最惯用的方法。
,我建议你让 Snakemake 处理不同的测试,每个规则实例只运行一个测试。
这可以按如下方式完成(未测试):
TESTS = ["test_that_should_fail","test_that_should_succeed"]
rule all:
input:
logs = expand("{test}.log",test=TESTS),errs = expand("{test}.err",rule run_test:
output:
log = "{test}.log",err = "{test}.err",shell:
"""
pytest {wildcards.test} 1> {output.log} 2> {output.err}
"""
然后,您可以使用snakemake 的选项-k
来确保所有测试都将运行。
但是,如果预期返回非零代码,则使用 || true
(如 another answer 中建议的那样)可能会更清晰。
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