如何解决使用谱系 = phylo 对象在 R 中运行 inverseA 函数时出错
我正在尝试计算系统发育相关性求和矩阵的逆(将输入 MCMCglmm)。我有一个系统发育树,最初运行如下:
inv.phylo <- inverseA(pedigree=tree,nodes="ALL",scale=TRUE,reduced = FALSE)
这引发了与我的系统发生树格式相关的错误,因此我对树进行了超度量并使用代码将树扎根:
tree.UM <- chronos(tree)
tree.root <- root(tree.UM,"Ovibos_moschatus",resolve.root=TRUE)
现在当我跑步时:
inverseA(pedigree=tree.root,reduced = FALSE)
我收到错误:
Error in pedigree[,2] : incorrect number of dimensions
我注意到 treeUM
比树多一条边,但无法确定这是 1) 导致问题,还是 2) 如果是,该怎么办?到目前为止,我已经尝试反过来运行 chronos
和 root
,并使用 chronoMPL
而不是 chronos
。谁能帮我让 inverseA
运行?
提前致谢:)
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