如何解决R中Seurat分析中的for循环函数
ratio_marker_out_2 = function(marker_gene,cluster_id){
marker_gene = list(row.names(FindMarkers(glioblastoma,ident.1 = cluster_id)))
for (gene in marker_gene){
all_cells_all_markers = glioblastoma@assays$RNA@counts[gene,]
selected_cells_all_marker = all_cells_all_markers[cluster_id!=Idents(glioblastoma)]
gene_count_out_cluster = glioblastoma@assays$RNA@counts[,cluster_id!=Idents(glioblastoma)]
ratio_out = sum(selected_cells_all_marker)/sum(gene_count_out_cluster)
}
return(ratio_out)
}
这里，marker_gene 的长度大约是数百。假设长度为 100。我想在 marker_gene 中获得每个基因的 ratio_out。然而，当运行这个函数时，我只得到一个输出而不是一个 100 ratio_out 的列表。可以请任何人帮助如何解决它吗？
我得到的输出
ratio_marker_out_2(marker_gene,0)
解决方法
可以是 sum 内置函数。
默认情况下，它返回一个数字。所以当你这样做时：
ratio_out = sum(selected_cells_all_marker)/sum(gene_count_out_cluster)
实际上是将两个数字相除。
所以如果你想返回一个列表，你必须除以，根据你的计算，只是
ratio_out = (selected_cells_all_marker)/sum(gene_count_out_cluster)
我已经使用
解决了这个问题all_cells_all_markers[marker_gene,cluster_id!=Idents(glioblastoma)]
ratio_out = (selected_cells_all_marker)/sum(gene_count_out_cluster).
版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容， 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报，一经查实，本站将立刻删除。
