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将列名添加到我的数据框中Seurat,cellhasing

如何解决将列名添加到我的数据框中Seurat,cellhasing

各位。

我刚刚开始学习如何分析 RNAseq 数据。

我在最开始的步骤中遇到了一个非常基本的问题。我试图在 R 上创建一个 Seurat 对象,但它一直失败。

HC2.data

10X 数据包含多种类型,并作为包含每种类型矩阵的列表返回。

HC2

CreateAssayObject 中的错误(计数 = 计数,min.cells = min.cells,min.features = min.features): 输入矩阵中不存在单元格名称(列名)名称

我认为我们必须为我的数据框提供列名。我有如下两列。

名称(HC2.data)

[1]“基因表达”
[2]“复用捕获”

但是,没有如下列的名称

列名(HC2.data)

接下来,我尝试根据网站 (https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/colnames.html) 编写此命令

colnames(HC2.data,do.NULL = FALSE)

[1] "col1"

我也尝试过使用此命令,正如之前 (https://github.com/satijalab/seurat/issues/1650) 与我遇到相同问题的人所推荐的那样。

colnames(counts)

is.data.frame(x) 中的错误:找不到对象“计数”

这是我所做的。我还不熟悉R。你们能帮我创建Seurat对象吗?

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