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计算 R或 Gephi中网络的相对模块性

如何解决计算 R或 Gephi中网络的相对模块性

我正在使用模块化比较一组不同规模的网络之间的隔离。我的问题是模块化与网络规模(节点和边缘)密切相关。

我想知道是否有一种方法可以计算相对模块化的度量(例如,如本文所示:https://www.pnas.org/content/114/16/4165),我主要在 Gephi 或 R 中使用 igraph。

引自论文的材料和方法部分:

测量模块化。我们使用了 Newman ([()) 提出的模块化(QQ) 衡量网络中模块化组织的强度。 模块化可以定义为 Q=∑Kk=1[LwkL−(LkL)2])Q=∑k=1K[LkwL−(LkL)2]),其中 LkLk 是总 子组kk中的边数,其中LwkLkw是其中的边 子群,LL 是网络中的总边数。 社区结构,或子群的数量和组成,对于 使用Louvain方法估计每个动物社交网络 (30)。网络中最高可能的模块性 (QmaxQmax) 是 当子组kk中的所有个体仅与每个个体交互时实现 子组之间不存在其他边且不存在边(即子组是 脱节)。换句话说,网络的 QmaxQmax 是当 LwkLkw = LkLk,可以写成 Qmax=∑Kk=1LkL(1−LkL)Qmax=∑k=1KLkL(1−LkL)。 我们测量了网络的相对模块化为 Qrel=QQmaxQrel=QQmax。

有什么想法吗?感谢您的帮助。

更准确地说,我正在开展一项全国家庭调查。我的网络中的节点是职业(医生、工程师、清洁工、办公室文员等),当具有上述职业的人住在同一个家庭时,职业之间就会出现边缘。我可以绘制完整的国家网络或每个城市的子集。 我想做的是在城市之间进行比较,以了解某些城市是否比其他城市具有更“隔离”的社会关系结构。我使用模块化进行比较,但它与网络规模高度相关,因为城市的人口规模各不相同。 也许我可以使用未加权的模块化,但我不确定。

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