安装 rstan/brms - 编程之家

如何解决安装 rstan/brms

我目前正在尝试让 rstan 和 brms 在我的 Fedora34 机器上运行，但几个小时以来一直没有成功。至关重要的是，测试示例模型或其他模型总是给我一个“浮点异常”。当我在 RStudio 中运行代码时，它只是崩溃并中止所有内容，而从终端运行时基本相同，但给了我浮点异常的提示，如下所示。遗憾的是，错误信息仅限于“浮点异常”信息。

make 命令是：

  make -f '/usr/lib64/R/etc/Makeconf' -f '/usr/share/R/make/shlib.mk' \
  -f '/root/.R/Makevars' CXX='$(CXX14) $(CXX14STD)' \
   CXXFLAGS='$(CXX14FLAGS)' CXXPICFLAGS='$(CXX14PICFLAGS)' \
SHLIB_LDFLAGS='$(SHLIB_CXX14LDFLAGS)' SHLIB_LD='$(SHLIB_CXX14LD)' \
SHLIB='filef8256c0e3305.so' OBJECTS='filef8256c0e3305.o'

make 会使用：

g++ -std=gnu++14 -I"/usr/include/R" -DNDEBUG   -I"/usr/local/lib/R/library \
/Rcpp/include/"  -I"/usr/local/lib/R/library/RcppEigen/include/" \
 -I"/usr/local/lib/R/library/RcppEigen/include/unsupported"  \
-I"/usr/local/lib/R/library/BH/include" \
-I"/usr/local/lib/R/library/StanHeaders/include/src/" \
 -I"/usr/local/lib/R/library/StanHeaders/include/"  \
-I"/usr/local/lib/R/library/RcppParallel/include/"  -I"/usr/local/lib/R/library/rstan/include" \
-DEIGEN_NO_DEBUG  -DBOOST_disABLE_ASSERTS  \
-DBOOST_PENDING_INTEGER_LOG2_HPP  -DSTAN_THREADS  -DBOOST_NO_AUTO_PTR  \
-include '/usr/local/lib/R/library/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat/fun/Eigen.hpp' \
 -D_REENTRANT -DRCPP_ParaLLEL_USE_TBB=1   -I/usr/local/include   -fpic  \
-O3 -march=native -mtune=native -fPIC \
-c filef8256c0e3305.cpp -o filef8256c0e3305.o
if test  "zfilef8256c0e3305.o" != "z"; then \
  echo g++ -std=gnu++14 -shared -L"/usr/lib64/R/lib" -Wl,-z,relro \
-Wl,--as-needed  -Wl,Now -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld  \
-o filef8256c0e3305.so filef8256c0e3305.o  '/usr/local/lib/R/library/rstan/lib//libStanServices.a' \
-L'/usr/local/lib/R/library/StanHeaders/lib/' -lStanHeaders \
-L'/usr/local/lib/R/library/RcppParallel/lib/' -ltbb  \
-L"/usr/lib64/R/lib" -lR; \
  g++ -std=gnu++14 -shared -L"/usr/lib64/R/lib" -Wl,Now -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld  -o filef8256c0e3305.so filef8256c0e3305.o \
 '/usr/local/lib/R/library/rstan/lib//libStanServices.a' \
 -L'/usr/local/lib/R/library/StanHeaders/lib/' -lStanHeaders \
-L'/usr/local/lib/R/library/RcppParallel/lib/' -ltbb  \
-L"/usr/lib64/R/lib" -lR; \
fi
Floating point exception

这对我来说似乎很奇怪，因为不应该有这样的错误，因为我不想做任何花哨的事情，只是运行示例模型。我尝试完全重新安装 R，从源代码重新安装 rstan，但都没有奏效。此外，cmdstanr 为我提供了正确设置所有 c++ 链和路径的信息。 cmdstanr 的 MCMC 也能正常运行，所以问题似乎特别出在 brms 和 rstan 上。

一些包裹信息：操作系统：x86_64 (Fedora 34)、linux-gnu； rstan: 2.21.2; Rcpp：1.0.6；内联：0.3.17，R 4.0.4

解决方法

不知道实际问题是什么，但鉴于 cmdstanr 有效，您可以通过

解决您的问题

brms(...,backend="cmdstanr")

请参阅 here 以了解有关 rstan 和 cmdstanr 之间差异的一点讨论：其中

通过外部进程运行 Stan 会减少意外崩溃，尤其是在 RStudio 中。