使用双条件

如何解决使用双条件

我目前正在尝试创建一个双重条件，如果我的数据框“模型”的癌症类型（指示）和基因（基因）都出现在另一个名为“cpg”的数据框中，那么一个新列在模型表中，如果两个条件都满足，则为“是”，否则为“否”。为了说明这一点：

模型表有：

指示	基因
急性髓系白血病	TP53
急性髓系白血病	GNAQ

cpg 数据框有：

癌症类型	基因
急性髓系白血病	TP53
急性髓系白血病	ATM

我想制作一个看起来像这样的模型表（基于 cpg 数据）：

指示	基因	热点？
急性髓系白血病	TP53	是
急性髓系白血病	GNAQ	没有

到目前为止，我已经尝试（但失败了）使用条件创建一个向量的 for 循环，希望然后将此向量作为新列附加：

hotspot <- c()
for (i in 1:nrow(mockup)){
  if ((mockup$Genes[i] == cpg$Gene && mockup$Indication[i] == cpg$`Cancer Type`)){
    hotspot[i] <- print("yes")
    } else {
      hotspot[i] <- print("no")
    }
}

unique(hotspot)

与往常一样，任何帮助都将不胜感激！

解决方法

这是必需的吗？ R 中的 for 循环，因为 R 已经向量化，通常是可以避免的。

• 基础 R 版本

mockup <- read.table(text = 'Indication Genes
"Acute Myeloid Leukemia"    TP53
"Acute Myeloid Leukemia"    GNAQ',header = T)

cpg <- read.table(text = "Cancer_Type   Gene
'Acute Myeloid Leukemia'    TP53
'Acute Myeloid Leukemia'    ATM",header = T)

mockup$hotspot <- apply(mockup,1,function(x) c('No','Yes')[(all(x %in% as.matrix(cpg)))

mockup
              Indication Genes hotspot
1 Acute Myeloid Leukemia  TP53     Yes
2 Acute Myeloid Leukemia  GNAQ      No

---

dplyr 管道友好版本

library(dplyr)

mockup %>% rowwise() %>%
  mutate(hotspot = c('No','Yes')[+(all(cur_data() %in% as.matrix(cpg))+1)])
#> # A tibble: 2 x 3
#> # Rowwise: 
#>   Indication             Genes hotspot
#>   <chr>                  <chr> <chr>  
#> 1 Acute Myeloid Leukemia TP53  Yes    
#> 2 Acute Myeloid Leukemia GNAQ  No