如何解决R 包 biomaRt 和此依赖项 RSQLite 出错
我在使用 bioconductor 安装 biomart 时遇到问题。我已经使用 R 3.6 在 Rstudio 中安装了这个包,没有错误,但是在 conda 特定环境容器中使用 R 4.0,我在使用 Rsqlite 时出现错误。
这里是这个消息:
update
如果有人有想法或解决方案...
解决方法
日志表明错误来自:
致命错误:boost/detail/fenv.hpp:没有那个文件或目录
408 | #include
conda install -c conda-forge boost-cpp
我尝试了这个,然后在 R 中安装了 RSQLite,它可以工作。
install.packages("RSQLite")
这个问题也会影响 conda 包。
临时修复似乎是回滚,即 remotes::install_version("RSQLite",version = "2.2.5")
。
参见此处的示例:https://github.com/kstawiski/OmicSelector/blob/master/.github/workflows/r.yml#L26
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