如何解决Code Ocean没有安装特定版本的R包
我正在尝试在 Code Ocean 中设置环境。我需要安装不是最新版本的 Seurat 3.2.0 或 3.2.3 版。 CRAN 安装程序(在下图中)可以安装最新版本的 Seurat,它是 4.0.1,没有问题。但是当我指定版本(3.2.3)时,它无法安装
Seurat 安装允许通过安装早期版本
remotes::install_version("Seurat",version = "3.X.X")
我尝试使用 Code Ocean postsInstall 脚本,因为他们建议使用以下方法进行更指定的包安装:
#!/usr/bin/env bash
set -ex
echo "options(repos ='https://cran.rstudio.com/',\
unzip = 'internal',\
download.file.method ='libcurl',\
Ncpus = parallel::detectCores() )" >> /etc/R/Rprofile.site
Rscript -e "Sys.setenv(TAR = '/bin/tar'); \
install.packages('remotes'); \
remotes::install_version('Seurat',version='3.2.0')"
我也尝试过开发工具
#!/usr/bin/env bash
set -ex
echo "options(repos ='https://cran.rstudio.com/',\
Ncpus = parallel::detectCores() )" >> /etc/R/Rprofile.site
Rscript -e "Sys.setenv(TAR = '/bin/tar'); \
install.packages('devtools'); \
devtools::install_version('Seurat',version='3.2.0')"
有一个巨大的日志文件。我认为所有的依赖项都安装好了。但这是与 Seurat 错误相关的最后几行
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