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R:`[.default`(x, , i) 中的错误:维数不正确

如何解决R:`[.default`(x, , i) 中的错误:维数不正确

我正在尝试使用 taxondive 包来比较 11 个不同地点的 Oonopidae 科蜘蛛的分类多样性。

不幸的是,我在创建一个对象时遇到了麻烦,这是一个带有分类距离的分类表。

R 控制台给我带来以下消息: “[.default(x,i) 中的错误:维数不正确。”

我的数据框“spiderTaxon”:

家人 超家族秩序
Escaphiella_sp Escaphiella 虫科 Dysderoidea
Gamasomorpha_sp 梨形目 虫科 Dysderoidea
加马吗啡亚科 加马吗啡亚科 虫科 Dysderoidea
Hexapopha_sp1 六足虫 虫科 Dysderoidea
Hexapopha_sp2 六足虫 虫科 Dysderoidea
Hexapopha_sp3 六足虫 虫科 Dysderoidea
Neotrops_sp Neotrops 虫科 Dysderoidea
新鱼 新鱼 虫科 Dysderoidea
Neoxyphinus_A 新鱼 虫科 Dysderoidea
Neoxyphinus_sp1 新鱼 虫科 Dysderoidea
Neoxyphinus_sp2 新鱼 虫科 Dysderoidea
Neoxyphinus_sp3 新鱼 虫科 Dysderoidea
Neoxyphinus_sp4 新鱼 虫科 Dysderoidea
Neoxyphinus_sp5 新鱼 虫科 Dysderoidea
Neoxyphinus_sp6 新鱼 虫科 Dysderoidea
Predatoroonops_sp 捕食者 虫科 Dysderoidea
Simlops_sp Simlops 虫科 Dysderoidea
Triaeris_stenaspis 三叶草 虫科 Dysderoidea

我的数据框“丰富”:

Escaphiella_sp Gamasomorpha_sp Gamasomorphinae-sp Hexapopha_sp1 Hexapopa_sp2 Hexapopha_sp3 Neotrops_sp Neoxyphinus Neoxyphinus_A Neoxyphinus_sp1 Neoxyphinus_sp2 Neoxyphinus_sp3 Neoxyphinus_sp4 Neoxyphinus_sp5 Neoxyphinus_sp6 Predatoroonops_sp Simlops_sp Triaeris_stenaspis
alto_caparao 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
卡里西卡 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 4 0 0
chapada_guimaraes 0 0 1 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0
chapada_parecis 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
chapada_veadeiros 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
鸭子 0 0 0 1 0 0 0 0 7 5 3 0 0 0 0 0 5 0
itamaraju 0 1 0 0 0 0 0 31 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
linhares 7 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0
reserva_campina 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
santa_teresa 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0
taruma_mirim 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 5 0 0 1 0 0 0 0

有我正在运行的脚本:

library(vegan)
## Preliminary: needs better data and some support functions
abund<-read.csv("oonopidaeABUND.csv",h=T,row.names = 1)
spiderTaxon<-read.csv("Oonopidae.taxon.csv",header = TRUE,row.names = 1)

# Taxonomic distances from a classification table with variable step lengths.
taxdis <- taxa2dist(spiderTaxon,varstep = FALSE,check = TRUE,labels)
plot(hclust(taxdis),hang = -1)

有来自控制台的消息:

> ## Preliminary: needs better data and some support functions
> abund<-read.csv("oonopidaeABUND.csv",row.names = 1)
> spiderTaxon<-read.csv("Oonopidae.taxon.csv",row.names = 1)
> # Taxonomic distances from a classification table with variable step lengths.
> taxdis <- taxa2dist(spiderTaxon,labels)
Error in `[.default`(x,i): Incorrect number of dimensions

我之前尝试过找出解决方案,但没有成功。

有人能帮我理解一下吗?

谢谢大家。

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