如何解决R:`[.default`(x, , i) 中的错误:维数不正确
我正在尝试使用 taxondive
包来比较 11 个不同地点的 Oonopidae 科蜘蛛的分类多样性。
不幸的是,我在创建一个对象时遇到了麻烦,这是一个带有分类距离的分类表。
R 控制台给我带来以下消息:
“[.default
(x,i) 中的错误:维数不正确。”
我的数据框“spiderTaxon”:
属 | 家人 | 超家族秩序 | |
---|---|---|---|
Escaphiella_sp | Escaphiella | 虫科 | Dysderoidea |
Gamasomorpha_sp | 梨形目 | 虫科 | Dysderoidea |
加马吗啡亚科 | 加马吗啡亚科 | 虫科 | Dysderoidea |
Hexapopha_sp1 | 六足虫 | 虫科 | Dysderoidea |
Hexapopha_sp2 | 六足虫 | 虫科 | Dysderoidea |
Hexapopha_sp3 | 六足虫 | 虫科 | Dysderoidea |
Neotrops_sp | Neotrops | 虫科 | Dysderoidea |
新鱼 | 新鱼 | 虫科 | Dysderoidea |
Neoxyphinus_A | 新鱼 | 虫科 | Dysderoidea |
Neoxyphinus_sp1 | 新鱼 | 虫科 | Dysderoidea |
Neoxyphinus_sp2 | 新鱼 | 虫科 | Dysderoidea |
Neoxyphinus_sp3 | 新鱼 | 虫科 | Dysderoidea |
Neoxyphinus_sp4 | 新鱼 | 虫科 | Dysderoidea |
Neoxyphinus_sp5 | 新鱼 | 虫科 | Dysderoidea |
Neoxyphinus_sp6 | 新鱼 | 虫科 | Dysderoidea |
Predatoroonops_sp | 捕食者 | 虫科 | Dysderoidea |
Simlops_sp | Simlops | 虫科 | Dysderoidea |
Triaeris_stenaspis | 三叶草 | 虫科 | Dysderoidea |
我的数据框“丰富”:
Escaphiella_sp | Gamasomorpha_sp | Gamasomorphinae-sp | Hexapopha_sp1 | Hexapopa_sp2 | Hexapopha_sp3 | Neotrops_sp | Neoxyphinus | Neoxyphinus_A | Neoxyphinus_sp1 | Neoxyphinus_sp2 | Neoxyphinus_sp3 | Neoxyphinus_sp4 | Neoxyphinus_sp5 | Neoxyphinus_sp6 | Predatoroonops_sp | Simlops_sp | Triaeris_stenaspis | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
alto_caparao | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
卡里西卡 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 |
chapada_guimaraes | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
chapada_parecis | 0 | 0 | 6 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
chapada_veadeiros | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
鸭子 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 5 | 3 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 |
itamaraju | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 31 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
linhares | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
reserva_campina | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 4 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
santa_teresa | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 5 | 0 | 0 | 0 |
taruma_mirim | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 1 | 1 | 5 | 0 | 0 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 |
有我正在运行的脚本:
library(vegan)
## Preliminary: needs better data and some support functions
abund<-read.csv("oonopidaeABUND.csv",h=T,row.names = 1)
spiderTaxon<-read.csv("Oonopidae.taxon.csv",header = TRUE,row.names = 1)
# Taxonomic distances from a classification table with variable step lengths.
taxdis <- taxa2dist(spiderTaxon,varstep = FALSE,check = TRUE,labels)
plot(hclust(taxdis),hang = -1)
有来自控制台的消息:
> ## Preliminary: needs better data and some support functions
> abund<-read.csv("oonopidaeABUND.csv",row.names = 1)
> spiderTaxon<-read.csv("Oonopidae.taxon.csv",row.names = 1)
> # Taxonomic distances from a classification table with variable step lengths.
> taxdis <- taxa2dist(spiderTaxon,labels)
Error in `[.default`(x,i): Incorrect number of dimensions
我之前尝试过找出解决方案,但没有成功。
有人能帮我理解一下吗?
谢谢大家。
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