如何解决如何计算R中给定范围内高于某个值的实例数?
我有一个相当大的数据集,查看整个基因组中的 SNP。我正在尝试生成一个热图,该热图基于在整个基因组中 x 碱基对的滑动窗口内有多少 SNP 具有超过 50 的 BF(贝叶斯因子)值。例如,在前 1,000,000 个碱基对中可能有 5 个感兴趣的 SNP,然后在接下来的 1,000 个碱基对中有 3 个,依此类推,直到我到达基因组的末端,这将用于生成单行热图。目前,我的数据如下所示:
SNP BF BP
0001_107388 11.62814713 107388
0001_193069 2.333472447 193069
0001_278038 51.34452334 278038
0001_328786 5.321968927 328786
0001_523879 50.03245434 523879
0001_804477 -0.51777189 804477
0001_990357 6.235452787 990357
0001_1033297 3.08206707 1033297
0001_1167609 -2.427835577 1167609
0001_1222410 52.96447989 1222410
0001_1490205 10.98099565 1490205
0001_1689133 3.75363951 1689133
0001_1746080 3.519987207 1746080
0001_1746450 -2.86666016 1746450
0001_1777011 0.166999413 1777011
0001_2114817 3.266942137 2114817
0001_2232084 50.43561123 2232084
0001_2332903 -0.15022324 2332903
0001_2347062 -1.209000033 2347062
0001_2426273 1.230915683 2426273
其中 SNP = SNP ID,BF = 贝叶斯因子,而 BP = 基因组上的位置(我在其中捏造了几个 > 50 个值,以便数据适合此示例)。>
问题是我没有每个基因组位置的 SNP,否则我可以简单地根据行数拆分感兴趣的窗口,然后计算 BF 列中的许多行超过 50。有什么办法我可以计算基因组位置的不同窗口内感兴趣的 SNP 的数量吗?最好使用 R,但如果能完成工作,则使用其他语言(如 Python 或 Bash)没有问题。
谢谢!
解决方法
library(slider); library(dplyr)
my_data %>%
mutate(count = slide_index(BF,BP,~sum(.x > 50),.before = 999999))
这里统计BP最后1M的窗口中有多少BF>50。
SNP BF BP count
1 0001_107388 11.6281471 107388 0
2 0001_193069 2.3334724 193069 0
3 0001_278038 51.3445233 278038 1
4 0001_328786 5.3219689 328786 1
5 0001_523879 50.0324543 523879 2
6 0001_804477 -0.5177719 804477 2
7 0001_990357 6.2354528 990357 2
8 0001_1033297 3.0820671 1033297 2
9 0001_1167609 -2.4278356 1167609 2
10 0001_1222410 52.9644799 1222410 3
11 0001_1490205 10.9809957 1490205 2
12 0001_1689133 3.7536395 1689133 1
13 0001_1746080 3.5199872 1746080 1
14 0001_1746450 -2.8666602 1746450 1
15 0001_1777011 0.1669994 1777011 1
16 0001_2114817 3.2669421 2114817 1
17 0001_2232084 50.4356112 2232084 1
18 0001_2332903 -0.1502232 2332903 1
19 0001_2347062 -1.2090000 2347062 1
20 0001_2426273 1.2309157 2426273 1
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