如何解决贝叶斯网络“catnet”包 cnPlot 返回 null
我第一次使用贝叶斯网络,我在 R 中使用 Catnet 包。原因是我的数据充满了分类变量和很多缺失的数据。我尝试了在 StackOverflow 其他地方发布的简单示例,只是为了了解它是如何工作的。虽然它能够生成网络中每个节点的条件概率,但我无法以图形方式可视化网络以便于理解。 cnPlot(catNetwork)
只返回 null。我想知道是否有使用 CatNet 经验的人可以指出我的方法存在的问题。谢谢。
创建猫网络:
cnet <- catnet::cnNew(
nodes = c("sport","high_hc","high_hg"),cats = list(c("1","2"),c("1","2")),parents = list(NULL,NULL,c(1,2))
)
设置经验概率
cnet2 <- catnet::cnSetProb(cnet,data=ais_v2.sub)
绘制网络
Sys.setenv(R_CATNET_USE_IGRAPH=TRUE)
cnPlot(cnet2)
绘图最终返回空值。我还导入了 igraph 库。不知道发生了什么。
代码示例如下:
#rm(list=ls())
### generate random data (not simply independent binomials)
set.seed(123)
n.obs <- 10
a1 <- rbinom(n.obs,1,.3)
a2 <- runif(n.obs)
a3 <- floor(-3*log(.25+3*a2/4))
a3[a3>=2] <- NA
a2 <- floor(2*a2)
my.data <- data.frame(a1,a2,a3 )
### discretize data into proper categories
my.data <- cndiscretize(my.data,numCategories=2)
my.data
## say we want a2 conditional on a1,a3
## first generate a network with a1,a3 ->a2
cnet <- cnNew(
nodes = c("a1","a2","a3"),3),NULL)
)
## set the empirical probabilities from data=my.data
cnet2 <- cnSetProb(cnet,data=my.data)
## to get the conditional probability table
cnProb(cnet2,which='a2')
cnProb 的输出为:
$a2
a1 a3 1 2
A 1.0 1.0 0.0 1.0
B 1.0 2.0 0.5 0.5
A 2.0 1.0 0.5 0.5
B 2.0 2.0 0.5 0.5
但是在尝试绘图时,
cnPlot(cnet2)
它返回,
NULL
解决方法
对我来说类似,?cnPlot
中的示例也生成 NULL
并且没有 R 图。添加文件参数也不会产生任何输出。 cnDot(cnet,"cnet")
生成外部 dot
文件,可以使用 graphviz
呈现,但这并不理想。
如果您可以获得邻接矩阵或边列表,您可以将其传递给 igraph
或 Rgraphiz
以手动绘制网络; catnet
具有 cnMatParents
函数来返回邻接矩阵。
然后只需要定义一个以邻接矩阵作为输入的绘图函数。在下面的函数中,绘图类型可以设置为 "i"
来自 igraph
或 "d"
for graphviz
/dot
via Rgraphviz
。
plotAdj <- function(adjMAT,type="d",...){
if(type == "d") {
g = new("graphAM",adjMat=t(adjMAT),edgemode="directed")
Rgraphviz::plot(g,...)
} else if(type == "i"){
g = igraph::graph_from_adjacency_matrix(t(adjMAT))
plot(g,...)
}
invisible(g) # return the graph object
}
并使用like
library(catnet)
set.seed(123)
cnet1 <- cnRandomCatnet(numnodes=4,maxParents=2,numCategories=2)
adj <- cnMatParents(cnet1) # extract adjacency matrix
p <- plotAdj(adj,type="i",vertex.color="lightblue")
p # return igraph object
library(Rgraphviz)
p <- plotAdj(adj,attrs = list(node = list(fillcolor = "lightblue")))
p # return Rgraphviz object
bnlearn
和 gRain
都有很好的绘图方法。
catnet reference doc
的第 3 页显示了如何呈现 dot
文件并自动打开 pdf 查看器。在 linux 上,以下打开带有情节的 pdf
Sys.setenv(R_DOTVIEWER="/usr/bin/dot") # path to dot on my system
cnPlot(cnet1)
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