如何解决根据尖端标签对节点和尖端标签进行着色的系统发育比较
我使用 cophylo
中的 phytools
函数绘制了两个面对面的系统发育树,并希望根据它们的标签为节点和尖端标签着色。
plot(cophylo(T1RnB,T2RnB,assoc=assoc))
A|A.han
A|D.ehr
D|M.gem
F|P.pri
F|P.sig
_
> write.tree(T1RnB)
(((A|A.han,A|D.ehr)7,D|M.gem)1,(F|P.sig,F|P.pri)67)6;
> write.tree(T2RnB)
(((A|A.han,A|D.ehr)40,F|P.pri)100)46,D|M.gem)9;
> assoc
1 A|A.han A|A.han
2 A|D.ehr A|D.ehr
3 D|M.gem D|M.gem
4 F|P.pri F|P.pri
5 F|P.sig F|P.sig
我想根据第一个字母为节点和提示标签着色。例如,以“A”开头的节点和提示标签为绿色,以“D”开头的为蓝色,以“F”开头的为黄色,等等。
我发现的最接近的例子是根据节点的分支长度或引导(使用颜色渐变)为节点着色。
是否可以根据提示标签进行着色?或者可能为关联文件中的每个节点手动添加颜色标签并相应地为它们着色?
谢谢!
版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。