如何解决如何仅提取映射读取?
我已经根据参考 [with minimap2] 映射了 pacbio 读取,现在我的输出在 Bam 文件中。我只想从中提取映射的读取。 我试过bamToFastq [samtools bamtofq input.bam | seqtk seq -A > output.fa],因为我终于想把我的文件放在 fasta 中,但是没有用。 这里有人有解决方案吗?
解决方法
使用 samtools 是一项简单的任务。从mapped.bam你可以调用fasta。
samtools view -b -F 4 file.bam > mapping.bam
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