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如何使用 SimpleITK 从 MR 图像中分割白质?

如何解决如何使用 SimpleITK 从 MR 图像中分割白质?

谁能帮我理解下面的代码一个重要的想法是识别 MR 图像(灰度)中的白质并用绿色突出显示。但是我看不到这项工作是如何完成的,documentation of SimpleITK 也不容易阅读。

import SimpleITK

# Step 1: segment white matter from MR image 'imgSmooth'
imgWhiteMatter = SimpleITK.ConnectedThreshold(image1 = imgSmooth,seedList = [(150,75)],lower = 130,upper = 190,replaceValue = 1
                                            )

# Step 2: manipulate 'imgSmooth' so as to prepare for the overlay
imgSmoothInt = SimpleITK.Cast(SimpleITK.RescaleIntensity(imgSmooth),imgWhiteMatter.GetPixelID()
                             )

# Step 3: overlay manipulated 'imgSmooth' with 'imgWhiteMatter'
imgHightlight = SimpleITK.Labeloverlay(imgSmoothInt,imgWhiteMatter))

我至少有以下问题:

  1. 白质在哪一步用绿色突出显示?还是自动决定的?
  2. This tutorial 表示 SimpleITK.RescaleIntensity() 将 RGB 转换为 0-255 范围,但 'imgSmoothInt' 的数组主要由 2 到 5.5 的数字组成,而 'imgSmooth' 的数组主要由 0 到 4 组成.
  3. SimpleITK.Cast() 有什么作用?
  4. imgWhiteMatter.GetPixelID() 返回 1,但我不明白这意味着什么以及它在第 2 步中扮演什么角色。它是否指定了某些内容以便“imgSmoothInt”与“imgWhiteMatter”兼容?

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