如何解决按簇将 Seurat 数据导出到 CSV 文件并提取特定簇
我正在尝试按单元集群从 Seurat 导出我的数据。到目前为止,以下代码有效,但它将每个集群导出到一个单独的 .csv 文件中,我需要将它们全部放在 1 个 csv 文件中。此外,总共有 11 个簇,但我只想提取其中的 5 个簇(即 Ductal1、Ductal2、Macrophage1、Macrophage2、Macrophage3),所以我也不确定如何做!
“Patients”是我的Seurat对象供参考!
#Exporting as Counts File
Meta.data.cluster <- unique(Idents(Patients))
for(group in Meta.data.cluster) {
group.cells <- WhichCells(object = Patients,idents= group)
data_to_write_out <- as.data.frame(GetAssayData(Patients,slot = 'counts')[,group.cell])
write.table(data_to_write_out,row.names=TRUE,col.names=TRUE,file = paste0(group,"_cluster_countfile.txt"),sep='\t',quote=F)
}
我是编码新手,因此不胜感激!
版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报,一经查实,本站将立刻删除。