模型似乎在 x 轴上过度预测ggeffects

如何解决模型似乎在 x 轴上过度预测ggeffects

我的模型在 x 轴上过度拟合似乎有问题。这导致趋势线从一个奇怪的地方开始。我正在寻找可能发生这种情况的原因？

data = read.csv('TotMaxSize.csv')

数据：

    structure(list(Column1 = 1:6,yrblock15 = c(2004L,2004L,2004L),circleID = 1:6,ThreeYearRain = c(748.9863518,744.4805429,748.6081666,747.5941999,746.3382951,740.9514718
),time = c(5.270172597,4.270172617,3.348596103,3.019112219,2.905252281,2.773856447),claylake = c(0,0.01,0),spinsandplain = c(99.53,90.39,50.7,63.8,73.65,82.73),TotMaxSize = c(2058.592458,936.2305886,1652.692998,2162.200459,1062.143104,1863.051545)),row.names = c(NA,6L),class = "data.frame")

加载的包：

library(ggplot2);library(lme4);library(ggeffects);library(dplyr) 

型号：

m3 <- lmer(TotMaxSize~log(time)+spinsandplain+ThreeYearRain+claylake+ThreeYearRain*log(time)+(1|circleID),na.action=na.fail,data=data,REML=FALSE)

剧情：

d <-ggpredict(m3,terms = "time[exp]")
d <- rename(d,"time" = x,"TotMaxSize" = predicted)
ggplot(d,aes(time,TotMaxSize)) + 
  geom_point(data = data,colour = "orangered3") + 
  geom_ribbon(aes(ymin = conf.low,ymax = conf.high),alpha = .1) +
  geom_line(size = 2,colour = "black") +
  theme_bw()

它产生这个：

如果我限制轴它会产生这个：

但趋势线似乎从一个奇怪的地方开始？

解决方法

您正在使用 ggpredict(m3,terms = "time[exp]")，即您对 time 取幂。我假设时间不能为负，因此最小值为 exp(0)，即 1（只是猜测）。

此外，如果您对随时间的变化感兴趣，我可能不会在模型中使用 log(time)，而是使用 log(TotMaxSize)，或者使用 y 轴的对数变换 ( scale_y_log10()）。 log(time) 是故意的吗？

另一种方法是创建一个带有指数值的向量，并手动添加第一个值：

v <- c(0,0.5,exp(seq(0,10,.5)))
ggpredict(m3,terms = "time[v]")

这是一个玩具示例：

library(lme4)
#> Loading required package: Matrix
library(ggeffects)
library(ggplot2)
data("sleepstudy")
sleepstudy$Days <- sleepstudy$Days + 1
m <- lmer(Reaction ~ log(Days) + (1 + Days | Subject),data = sleepstudy)

## not starting at "0"

plot(ggpredict(m,"Days [exp]")) + 
  xlim(c(0,25)) +
  coord_cartesian()
#> Warning: Removed 7 row(s) containing missing values (geom_path).

## starting at "0"

v <- c(0.1,5,.5)))

plot(ggpredict(m,"Days [v]")) + 
  xlim(c(0,25)) +
  coord_cartesian()
#> Warning: Removed 4 row(s) containing missing values (geom_path).

^{由 reprex package (v2.0.0) 于 2021 年 4 月 25 日创建}