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Knime 的 Python 脚本节点无法识别 Windows 10 环境变量

如何解决Knime 的 Python 脚本节点无法识别 Windows 10 环境变量

大家好,我现在在 Knime 分析平台工作。在这个平台上,他们有 python 脚本节点,可以在需要时为工作流制作 python 代码。最近我正在研究需要进行多序列比对的工作流程。所以我决定用python来做,制作脚本,通过命令提示调用MAFFT程序。所以我做了这个

import os
mafft = r'C:\Users\mafft\mafft-win\mafft.bat'
infile =r'C:\Users\***\Desktop\data.faa'
outfile = r'C:\Users\***\Desktop\data.fasta'  
os.system(r'cmd /c  "%s --auto %s > %s"' % (mafft,infile,outfile))

它返回错误为“cmd 未被识别为内部或外部命令......” 我检查了我的环境变量,结果很好,如果我在 Knime 之外运行相同的代码,它也可以正常工作而不会出错。然后我用它的完整路径名替换了“cmd”。此时它返回不同的错误“chcp 未被识别为内部或外部命令...” 如何解决或避免这种情况?

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