如何解决在服务器上使用 cytoscape
我正在尝试在我的实验室中实现 cytoscape 并将其安装在我们通过 ssh 从自己的终端（使用 x11 转发）访问的中央服务器上。
我确实通过Scooter Morris to the question by RNA123 here,找到了答案 目前我在 /opt/ 中的 cytoscape 3.8.2 安装（以 root 身份）通过以非 root 用户身份执行它来工作。但是，如果第二个用户在实例已经运行时启动它，则会引发错误：
karaf：有一个名为 Cytoscape 的 Root 实例已经在运行 3.8.2和pid 121496。如果你知道自己在做什么，无论如何都想强制运行，导出CHECK_ROOT_INSTANCE_RUNNING=false并重新运行 命令。
有没有办法集中安装 cytoscape 并让多个用户从他们自己的终端访问它？或者这样做是否安全：
CHECK_ROOT_INSTANCE_RUNNING=false
解决方法
这是我在 BioStars 上发布的答案：
是的，它应该是安全的，尽管有一些注意事项。一旦你得到 过了“CHECK_ROOT_INSTANCE_RUNNING”你会得到一个关于“port 已经打开”。这是因为 Cytoscape 试图打开一个端口 它是 REST 接口。您可以轻松地将 Cytoscape 启动包装在一个 随机化端口以避免该问题的python或shell脚本， 但是如果您有用户使用 RCy3 或 py4cytoscape，他们将不得不 知道要连接的端口。最佳解决方案，尤其是在 HPC 中 环境，是在 docker 或奇异容器中运行 Cytoscape 并将 REST 端口“1234”映射到用户特定的内容。
我会在这里再添加一条评论。关于映射 REST 端口的最后一部分非常重要。如果没有人映射 REST 端口并且第二个用户启动 Cytoscape 然后使用 CyREST，他们将“控制”第一个用户的 Cytoscape。绝对不是你想要的。
-- 滑板车
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