如何解决无法使用 terra 包将压缩的 geotiff 写入磁盘
我正在尝试从 Robert Hijmans 的光栅包切换到更新更快的 terra 包,以便在 r 中进行光栅计算。在这样做时,我想出了一个我无法解决的可笑的简单问题。无论我做什么,我都无法使用新的 writeraster 函数将 geotiff 写入压缩文件。
这是一个可复制的示例: 让我们从头开始制作 2 个栅格:
-
具有连续值的大型栅格
图书馆(土地)
r
值(r)
-
具有单个值的大栅格
r2
值(r2)
无论我是否在新的 writeraster 函数中指定压缩选项,输出文件都会导致两个栅格的大小完全相同。表示没有应用压缩。
writeraster(r2,"D:/simple_raster_test_no_comp_lzw.tif",overwrite=T) #complex raster no compression
writeraster(r2,"D:/simple_raster_test_comp_lzw.tif",overwrite=T,gdal=c("COMPRESS=LZW"))
writeraster(r,"D:/test_comp_lzw.tif",overwrite=T) #simple raster no compression
writeraster(r,"D:/test_comp_lzw2.tif",gdal=c("COMPRESS=LZW"))
file.size("D:/simple_raster_test_no_comp_lzw.tif")
file.size("D:/simple_raster_test_comp_lzw.tif")
file.size("D:/test_comp_lzw.tif")
file.size("D:/test_comp_lzw2.tif")
我意识到只是没有考虑 gdal 压缩参数,因为我可以将 LZW 字符串替换为任何值,并且仍然可以获得未经压缩且没有错误的光栅输出。
writeraster(r,"D:/test_comp_lzw3.tif",gdal=c("COMPRESS=IAmSuperman"))
file.size("D:/test_comp_lzw3.tif")
最后,尝试使用较旧的栅格包语法进行保存会产生相同的未压缩结果
writeraster(r,"D:/test_comp_lzw4.tif",compress="lzw")
file.size("D:/test_comp_lzw4.tif")
知道如何克服这个问题吗?我使用相当大的 geotifs 并且没有压缩,我很快就会像香肠一样塞满我的硬盘......
解决方法
如果您在包中发现错误,那么报告它的最佳位置是 github 等(terra
包的 here。
写完答案才看到你的评论;所以为了后代,下面我将展示压缩的工作原理;至少在 CRAN 上的当前版本和开发版本中。
library(terra)
#terra version 1.1.4
r <- rast(ncol=1000,nrow=1000,xmin=0,xmax=10,ymin=0,ymax=10)
values(r) <- sqrt(1:ncell(r))
ff <- replicate(4,paste0(tempfile(),".tif"))
writeRaster(r,ff[1],overwrite=T) #complex raster no compression
writeRaster(r,ff[2],gdal=c("COMPRESS=LZW"))
writeRaster(r>100,ff[3]) #simple raster no compression
writeRaster(r>100,ff[4],gdal=c("COMPRESS=LZW"))
sapply(ff,file.size,USE.NAMES=FALSE)
#[1] 4003716 2886677 4003712 146519
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