snakemake：conda env 特定 smk 文件的相对路径，而不是执行路径即带有规则全部的 Snakefile

如何解决snakemake：conda env 特定 smk 文件的相对路径，而不是执行路径即带有规则全部的 Snakefile

我编写了一个 snakemake 工作流程，为了使代码更易于管理，我将规则拆分为单独的 smk 文件。我当前的目录结构如下所示：

|-- Snakefile # with statements like include: utils/align.smk 
|-- config.yaml
|-- envs
|   `-- vep.yml
`-- utils
    |-- align.smk
    |-- envs
    |   |-- alignment.yml
    |   |-- mutect2.yml
    |   |-- quality_check.yml
    |   `-- vep.yml
    |-- process_reads.smk
    `-- variant_calling.smk

我还编写了依赖 conda 的工作流，并指定了分离 yaml 文件的所有要求。现在，文件的位置在 config.yaml 中指定，例如：

CONDA_ALIGNMENT: "utils/envs/alignment.yml"

然后 align.smk 中的规则通过 conda: config['CONDA_ALIGNMENT'] 调用它们。

但是，现在我尝试运行 snakemake，出现以下错误：

snakemake -np --profile cluster --jobs 2 --use-conda --force
Building DAG of jobs...
WorkflowError:
Failed to open source file /path/to/exec/utils/utils/envs/alignment.yml
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/path/to/exec/utils/utils/envs/alignment.yml'
  File "/path/to/miniconda3/envs/snakemake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py",line 228,in create
  File "/path/to/miniconda3/envs/snakemake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py",line 98,in hash
  File "/path/to/miniconda3/envs/snakemake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py",line 80,in content
  File "/path/to/miniconda3/envs/snakemake/lib/python3.9/site-packages/snakemake/deployment/conda.py",line 67,in _get_content

请注意，utils 目录在蛇形无法找到的文件路径中出现了两次。输入/参数/输出中的所有其他文件在相对于主 Snakefile 而不是特定的 smk 文件指定时工作。对于如何以更蛇形的方式处理此问题的任何建议，我将不胜感激。

我能想到的最快解决方法是将 smk 文件从 utils 中移出，但那样会非常混乱...