在 ggplot 中添加注释后重新排序有序图

如何解决在 ggplot 中添加注释后重新排序有序图

我刚刚开始使用 ggplot，并且在创建我需要的方面方面取得了很大进展。但是，当我添加带有重要性注释的数据框时，构面的顺序会发生变化。可能有太多步骤导致重新排序，因此如果您有任何建议来解决问题和简化代码，请告诉我。

我的代码是：

ggplot(cdata,aes(x= reorder(Speaker_Group,-Overall_Severity),y=Overall_Severity))
geom_bar(aes (fill = Speaker_Group),stat="identity",position=position_dodge())
geom_errorbar(aes(ymin=Overall_Severity-se,ymax=Overall_Severity+se),width=.2,position=position_dodge(.9))
facet_grid(Training_Group_f ~ .,scales = "free_y",space = "free") + scale_fill_manual(values = c("darkgreen","darkred","darkcyan","black"),labels = c("ALS","PD","OA","YA"))
theme(panel.grid.major.y = element_blank(),panel.grid.minor.y = element_blank(),panel.grid.major.x = element_blank(),panel.grid.minor.x = element_blank())
theme(axis.title.x = element_blank(),axis.text.x = element_text(face = "bold",color = "black",size = 10),axis.title.y = element_text(face = "bold",size = 10))
theme(panel.spacing = unit(1,"lines"))
geom_signif(data = annotation1_df,aes(xmin = start,xmax = end,annotations = label,y_position = y),textsize = 4,vjust = 1.2,manual = TRUE)

如果我删除 geom_signif 调用，则构面的顺序是准确的 (No_Training,Pre_Training,Post_Training)，但是一旦我添加它，它就会重新排序构面 (No_Training,Post_Training,Pre_Training)。 enter image description here

annotation1_df 由以下给出：

annotation1_df <- data.frame(Training_Group_f = c("No_Training","No_Training","Pre_Training","Post_Training","Post_Training"),start = c("ALS","ALS","ALS"),end = c("PD","YA","YA"),y = c(95,90,80,70,70),label = c("p<.0001","p<.0001","p<.0001")
)
annotation1_df

我还订购了 cdata 中的级别：

cdata$Training_Group_f = factor(cdata$training,levels=c("No_Training","Post_Training"))
cdata$Speaker_Group_f = factor(cdata$Speaker_Group,levels=c("ALS","YA"))
cdata <- ddply(data,c("speaker","training"),summarise,N = length(overallseverity),Overall_Severity = mean(overallseverity),sd = sd(overallseverity),se = sd / sqrt(N)
)
cdata

解决方法

操作。当我查看您的详细问题时，以下注释似乎非常重要：

如果我删除 geom_signif 调用，则刻面的顺序是准确（No_Training、Pre_Training、Post_Training）但是一旦我添加它重新排序方面（No_Training、Post_Training、预训练）。

正如您似乎已经理解的那样，分面顺序是通过 ggplot2 中的两种方式之一确定的：

如果您正在对离散值进行分面并且该列已经是一个因子，则分面的顺序将根据该因子的级别顺序进行设置。
如果您正在对一个不是因子的离散值进行分面，则该列将转换为因子，并且排序将默认为字母数字顺序

因此，如果您的第一个没有调用 geom_signif() 是准确的，那么问题应该出在该代码中。让我们看看那一行：

geom_signif(
  data = annotation1_df,aes(xmin = start,xmax = end,annotations = label,y_position = y),textsize = 4,vjust = 1.2,manual = TRUE)

问题来了。您在引用 data = cdata 之前的绘图代码，并且您正在对 cdata$Training_Group_f 进行分面。对 geom_signif() 的调用引用了 data = annotation1_df，它也有 annotation_df$Training_Group_f。绘制两者都会创建一个 ggplot 对象，该对象组合数据集 cdata（其中 Training_Group_f 方面的级别设置正确）和 annotation1_df，其中级别显然未设置.

答案应该是首先确保Training_Group_f 的列设置为两个数据集cdata 和annotation1_df 中具有相同水平的因子。您需要执行这两行，然后您的构面顺序应该是正确的：

cdata$Training_Group_f = factor(cdata$training,levels=c("No_Training","Pre_Training","Post_Training"))

annotation1_df$Training_Group_f = factor(annotation1_df$training,"Post_Training"))

注意：由于 y = 0 位于图的左下角，您实际上可能会看到级别被颠倒了……我现在不记得这是否是刻面的定位方式，但如果是这样，只需颠倒两者的级别顺序即可。