为什么 as(spdf, "owin") 抛出错误 'spatstat.options' is not an export object from 'namespace:spatstat'

如何解决为什么 as(spdf, "owin") 抛出错误 'spatstat.options' is not an export object from 'namespace:spatstat'

来自这本书 here

library(maptools)
s.owin <- as(s.sp,"owin")
class(s.owin)

应该可以工作，但它没有并抛出错误 'spatstat.options' is not an exported object from 'namespace:spatstat'。 spatstat.options() 存在并且工作正常（对我来说）：

spatstat.options()
# $areainter.polygonal
# [1] FALSE
#
# $checksegments
# [1] TRUE
# ...

我使用最新版本的 statspat：packageVersion("spatstat") 给出 2.0.1。 RStudio 不显示更新过程的任何依赖包：

x <- installed.packages()
x[grepl("spatstat",x[,"Depends"]),"Package"]
         spatstat     spatstat.core     spatstat.geom   spatstat.linnet 
       "spatstat"   "spatstat.core"   "spatstat.geom" "spatstat.linnet" 

p.ppp <- as(p.sp,"ppp") # Create ppp object 抛出同样的错误...

---

可重现的例子：

library(sp)
Grd <- sp::GridTopology(c(1,1),c(1,c(10,10))
polys <- as(Grd,"Spatialpolygons")
centroids <- sp::coordinates(polys)
x <- centroids[,1]
y <- centroids[,2]
z <- 1.4 + 0.1*x + 0.2*y + 0.002*x*x
spdf <- sp::SpatialpolygonsDataFrame(polys,data = data.frame(x=x,y=y,z=z,row.names=row.names(polys)))

library(raster)
plot(spdf)

library(sf)
spsf <- st_as_sf(spdf)
plot(spsf$geometry)
plot(spsf)

library(maptools)
library(spatstat)
s.owin <- as(spdf,"owin") # calls as.owin.Spatialpolygons(from) but to me it is not clear why and I can't debug here...
# Fehler: 'spatstat.options' is not an exported object from 'namespace:spatstat'
spatstat.options()

解决方法

虽然 RStudio 告诉我，所有软件包都是最新的，但问题仍然存在。 解决方案是对 R 和所有软件包进行全面更新。该过程在 Windows 上：

• 从 Rgui.exe 运行 installr::update()（在 \R\R-4.0.4\bin\x64 中）。
• 更新 Windows 环境变量R_LIBS新的 \R\R-4.0.4\library。
• 更新\R\R-4.0.4\etc 中的Rprofile.site 并确保只有一个.libPaths()。 （必须有一行 .libPaths("C:/R/R-4.0.4/library") 或添加它。）
• 检查 RStudio 中是否有待处理的软件包更新

,

刚刚遇到这个问题，可以确认更新包是修复。我实际上无法按照您的说明进行操作（我不太精明）但下面的简单代码有效：

首先重新启动 R，以便清除所有预加载的包并可以更新

    # list of packages where an update is available
    old.packages()
    
    # update all available packages
    update.packages()
    
    # update,without prompts for permission/clarification
    update.packages(ask = FALSE)