使用 abs() 函数对数据集进行排序

如何解决使用 abs() 函数对数据集进行排序

我正在尝试按照此处的小插图运行基因集富集分析： http://yulab-smu.top/clusterProfiler-book/chapter7.html

我一直在尝试使用这个特定的代码：

data(df,package="DOSE")
gene <- names(df)[abs(df) > 2]
head(gene)

当我运行上述程序时，出现以下错误：

data set ‘df’ not found[1] NA NA NA NA NA NA
[1] FALSE

我正在尝试将 1 的截止值应用于 Log2FoldChange 的数据集（从 -x 到 +x 的值）。然后我想把这个和相应的名字（ENTREZ ID）放入一个名为基因的数据框中，这样我就可以运行富集分析了。

如果我指定数据列：

#Define DEG as LFC>1
data(df,package="DOSE")
gene <- names(df$ENTREZ)[abs(df$log2FoldChange) > 2]
head(gene)

gene <- (abs(1) > 1)
head(gene)

我明白了：

data set ‘df’ not foundNULL
[1] FALSE

上面的 'abs()' 函数不起作用（我已经从小插图中复制和修改了上述内容）。

我在这里找到了另一种解释，可能暗示了一条不同的路线。 Ordering multiple columns using cut-off values in R

我是否错过了一些语法来完成这项工作？任何帮助将不胜感激。

谢谢

解决方法

出现错误是正常的，因为 data(df,package="DOSE") 是无效命令。 您应该用您的数据框替换 df。