R中的基因组坐标

如何解决R中的基因组坐标

我正在处理 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 数据。我发现最大外显子的长度是 205012。我如何才能找到那个外显子的基因组坐标？

解决方法

您可以在 Granges 上使用 which.max()，如下所示：

library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
txdb = TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
ex = exons(txdb)
ex$len = width(ex)
ex[which.max(ex$len)]

GRanges object with 1 range and 2 metadata columns:
      seqnames              ranges strand |   exon_id       len
         <Rle>           <IRanges>  <Rle> | <integer> <integer>
  [1]    chr12 102591363-102796374      + |    164764    205012
  -------
  seqinfo: 93 sequences (1 circular) from hg19 genome