用python写一个tiff堆栈并保留文件名 选项 1：单独编写系列选项 2：写一个系列

如何解决用python写一个tiff堆栈并保留文件名 选项 1：单独编写系列选项 2：写一个系列

我有一个文件夹，里面有 5 张 tiff 图像，我想将它们放在一个堆栈文件中。

img01.tiff、img20.tiff、img25.tif、img30.tif、img50.tif

处理后我想将该堆栈转换为单个图像，并保留文件名。

我做的堆叠：

import tifffile as tiff
import os
from natsort import natsorted

path='img_folder'
output_filename='stack.tiff'
with tiff.TiffWriter(output_filename,bigtiff=True) as tif_writer:
    for idx,filename in enumerate(natsorted(os.listdir(path))):
        print(filename)
        img=tiff.imread(os.path.join(path,filename),name=filename)
        tif_writer.save(img)

我尝试写入描述参数或元数据（信息以及标签），但没有奏效：

tif_writer.save(img,photometric='minisblack',Metadata={'Info': filename},description=filename)

无论如何文件名信息丢失了或者我现在不知道如何访问它。

任何帮助将不胜感激！

解决方法

来自source，

[描述和元数据]仅与系列的第一页一起保存。

编辑：我更新了这个例子以包含@cgohlke 建议的两个选项

选项 1：单独编写系列

默认情况下，像这样按顺序使用 TiffWriter.write 或 TiffWriter.save 将在结果图像中创建一个单独的 系列 并将描述保存到第一页 在每个系列中。

import numpy as np
import tifffile

with tifffile.TiffWriter('temp.tif') as tif:
  for i in range(4):
    filename = f"image_{i}"
    img = np.random.randint(0,1023,(256,256),'uint16')
    tif.save(img,photometric='minisblack',description=filename)


with tifffile.TiffFile('temp.tif') as tif:
  for series in tif.series:
    first_page = series[0]
    print(first_page.description)
  
  # tif.asarray returns the first series by default,# so `key` is needed to create the stack from multiple series.
  stack = tif.asarray(key=slice(None))
  print(stack.shape)

# image_0
# image_1
# image_2
# image_3
# (4,256,256)

选项 2：写一个系列

通过设置 metadata=None，您可以将单个页面写入同一系列并遍历页面以获取描述。

import numpy as np
import tifffile

with tifffile.TiffWriter('temp.tif') as tif:
  for i in range(4):
    filename = f"image_{i}"
    img = np.random.randint(0,description=filename,metadata=None)


with tifffile.TiffFile('temp.tif') as tif:
  for page in tif.pages:
    print(page.description)

  stack = tif.asarray() # no need for `key` because pages in same series
  print(stack.shape)

# image_0
# image_1
# image_2
# image_3
# (4,256)