留一法交叉验证 GLM 模型

如何解决留一法交叉验证 GLM 模型

我试图通过首先将我的数据拟合到 glm 模型，然后使用预测来进行留一法交叉验证。显然我没有正确设置交叉验证，因为我收到错误。有人知道这应该怎么写正确吗？

 data <- structure(list(hsa_miR_1306_5p = c(5.66281697186733,6.58664110311681,8.24680160610849,7.59469600671128,5.11353374464181,5.21216070738553
),hsa_miR_576_5p = c(3.01744918102835,4.94428256624179,6.47085031132479,6.341071987735,4.94239499718096),V3 = c(3,5,3,5),V4 = c(29.9,27.1,32.7,24.9,30.2,29.9),V5 = c(1957,1948,1951,1954,1946,1952),V6 = c(1,1,0)),row.names = c("1004773522","1108651363","1170306251","1170306252","1170306253","1170306258"
),class = "data.frame")

LOOCV 模型：

loocv <- sapply(1:nrow(data),function(x) {
  loo.data <- data[-x,]
  model <- glm(as.factor(V3) ~ hsa_miR_1306_5p + hsa_miR_576_5p + V4 + V5 + V6,family=binomial(logit),data=loo.data)
  predict(model,newdata=data[x,],type = "lp")
})

情节：

roc.data <-roc(model$y,model$fitted.values,ci=T,predictor = loocv)
plot.roc(roc.data)

错误：

 Error in match.arg(type) : 
  'arg' should be one of “link”,“response”,“terms”

解决方法

你需要小心你正在使用的包。请在分析前加载两个包：

library(pROC)
library(rms)

基础 R predict（或 predict.glm）函数有一个类型参数，但只有选项

type = c("link","response","terms")

通过指定获得线性预测变量

predict(...,type = "link")

您使用的语法来自 rms::predictrms() 函数。