如何解决在解复用、移除适配器、修剪和过滤之后，有多少 GBS 衍生读取通过过滤器？
我正在处理来自 GBS 的原始读取。我的最终目标是使用 Stacks 管道（denovo 版本）获取 SNP 数据集。
解复用后，我得到每个样本大约 200 万个单端读取。
但是，在移除 Illumina 适配器、过滤读数并将它们全部修剪为相同长度后（因为 denovo 管道要求读数具有相同长度），我每个样本只能平均获得 50,000 个读数。
这对于 GBS 派生数据是否正常？调用 SNP 并运行管道就足够了吗？我认为我的大部分读数都比这短，这就是它们被过滤掉的原因，但是如果我将最小长度设置为
有人对此有任何建议或想法吗？
非常感谢
朱莉娅
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