如何解决来自 phyloseq 对象的 OTU 表无法强制转换为数据框
我需要将我的 OTU 表从 phyloseq 对象转换为数据框,以便我可以使用它来运行 PICRUSt2,但 as.data.frame(physeq@otu_table)
不会使其成为数据框。我试过 pie<-as.matrix(physeq@otu_table)
,当我说 is.matrix(pie) #it says TRUE
时,但当我说 class(pie) #it says [1] "otu_table" attr(,"package") [1] "phyloseq"
时它甚至不会假装是一个数据框:
pie<-as.data.frame(physeq@otu_table)
is.data.frame(pie)
#FALSE
在将 asv_mat 放入 phyloseq 对象之前,我不能只使用它,因为我必须从 phyloseq 对象中移除线粒体和叶绿体。这仍将在 asv_mat 中。
提前致谢
解决方法
pie<-as.matrix(physeq@otu_table)
pie<-as.data.frame(pie)
将其设为矩阵,然后保存为数据框并记住将原始矩阵保存为数据框(即 pie<-as.data.frame(pie)
而不仅仅是 as.data.frame(pie)
)。
抱歉,我没有足够的信息来正确帮助您,但是您是否尝试过使用 tidyverse 包中的 as_tibble() 而不是 as_dataframe() ?
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