Snakemake 在命令行中从嵌套的 config.yaml 文件中指定配置参数

如何解决Snakemake 在命令行中从嵌套的 config.yaml 文件中指定配置参数

假设我有一个 config.yaml 文件，如下所示

results: "results/"
reference_database: "data/zymogen_alignment_file.fasta"

basecall:
    perform_basecall: True
    configuration: "dna_r9.4.1_450bps_hac.cfg"

我可以访问我的 Snakefile 中的所有参数，例如 config["results"]、config["basecall"]["perform_basecall"] 等

我可以轻松覆盖 results 和 reference_database 参数
snakemake --cores all --config results="/my/new/results/path" reference_database="/my/new/reference/database"

但是，我似乎无法覆盖 basecall 下的参数。我已经尝试了以下
snakemake --cores all --config basecall["perform_basecall"]=False

但这会导致错误：Invalid config deFinition: Config entry must start with a valid identifier.

是否可以覆盖嵌套配置文件中的参数？
感谢您的帮助！

解决方法

尝试使用 JSON 对象语法。在这种特定情况下，类似于

snakemake -j all --config basecall='{perform_basecall: False}'

对此进行测试，它似乎保留了对象的其余部分（即 configuration 值），而只是覆盖了 perform_basecall 值。