如何在树状图中的分组簇周围绘制彩色矩形？

如何解决如何在树状图中的分组簇周围绘制彩色矩形？

我尝试将彩色矩形添加到树状图结果中，如下所示：

Text

这是我的树状图代码：

from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram
...
plt.figure(figsize=(250,100))
labelsize=20
ticksize=15
plt.title(file_name.split(".")[0],fontsize=labelsize)
plt.xlabel('stock',fontsize=labelsize)
plt.ylabel('distance',fontsize=labelsize)
dendrogram(
   Z,leaf_rotation=90.,# rotates the x axis labels
   leaf_font_size=8.,# font size for the x axis labels
   labels = corr.columns
)
pylab.yticks(fontsize=ticksize)
pylab.xticks(rotation=-90,fontsize=ticksize)

然而，这只是添加彩色线条，而不是上图中的矩形。如何创建这样的图像？

谢谢

解决方法

您可以遍历生成的路径集合并绘制边界框。

或者，您可以将高度设置为 color_threshold= 参数，默认为 Z[:,2].max() * 0.7。

最后一个集合是未分类的行，因此下面的示例代码循环遍历所有先前的集合。

import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.cluster import hierarchy
import numpy as np

N = 15
ytdist = np.random.randint(10,1000,N * (N + 1) // 2)
Z = hierarchy.linkage(ytdist)

fig,ax = plt.subplots(1,1,figsize=(8,3))
dn1 = hierarchy.dendrogram(Z,ax=ax)

for coll in ax.collections[:-1]:  # the last collection is the ungrouped level
    xmin,xmax = np.inf,-np.inf
    ymax = -np.inf
    for p in coll.get_paths():
        box = p.get_extents()
        (x0,_),(x1,y1) = p.get_extents().get_points()
        xmin = min(xmin,x0)
        xmax = max(xmax,x1)
        ymax = max(ymax,y1)
    rec = plt.Rectangle((xmin - 4,0),xmax - xmin + 8,ymax*1.05,facecolor=coll.get_color()[0],alpha=0.2,edgecolor="none")
    ax.add_patch(rec)
plt.show()