当 API 返回错误时应用将数据帧转换为字符的函数

如何解决当 API 返回错误时应用将数据帧转换为字符的函数

我编写了一个函数来查询 CMS 国家计划和提供者枚举系统 (NPPES) API。

我希望传入一个包含 NPI 值的数据框并返回它们的地址。

某些 NPI 值不再有效，我已尝试为这些情况构建一些错误处理。

我的错误处理 if else 语句指定使用维度为 1 行 x 6 列的数据框，并且我已将错误的 NPI 值插入第 1 行的第 1 列。

当我对我的数据框使用 apply 函数时，我得到一个列表 [1x6]，用于所有成功的 API 调用，但错误的值只是一个字符向量。

我试图调试这个问题，但我无法弄清楚从数据框到字符的转换发生在哪里。如果有人可以帮助我，我将不胜感激。

这是我希望查询的值的数据框：

install.packages("pacman")
library(pacman)

pacman::p_load(tidyverse,data.table,httr,jsonlite)

values <- c(1598727430,1083632731,1710983663) # LAST VALUE PRODUCES THE ERROR CASE

npi_values <- data.frame(values)

这里是 API 的 URL：

path <- "https://npiregistry.cms.hhs.gov/api/?"

我的功能：

# CREATE A FUNCTION TO PULL NPI informatION FROM THE NPI REGISTRY
getNPI <- function(object) {
  request <- httr::GET(
    url = path,query = list(
      version = "2.0",number = object
    )
  )
  Sys.sleep(0.25)
  
  warn_for_status(request)

  npi_details <- content(request,as = "text",encoding = "UTF-8"
  ) %>%
    fromJSON(.,flatten = TRUE
    ) %>%
    data.frame()
  # IF THE API THROWS BACK A RESULT WHERE THE COLUMN NAMES CONTAIN 'ERROR'
  # THEN ASSIGN ALL THE ROW VALUES TO NA AND ADD THE NPI VALUE TO THE FirsT
  # COLUMN
  if (any(grepl("ERROR",toupper(colnames(npi_details))))) {
    
    npi_details <- as.data.frame(matrix(NA,ncol = 6,nrow = 1)) %>% 
      dplyr::rename(`NPI NUMBER` = V1,`CMS REF ADDRESS 1` = V2,`CMS REF ADDRESS 2` = V3,`CMS REF CITY` = V4,`CMS REF STATE` = V5,`CMS REF ZIP` = V6)
    
    npi_details[1,1] <- object
    
    # ELSE IF THE DATA FRAME DOES NOT CONTAIN 'ERROR' THEN RUN THIS CHUNK
  } else {
    select(npi_details,contains(c("addresses","number"))) %>%
      unnest(c(contains("address"))) %>%
      filter(address_purpose == "MAILING") %>%
      rename_all(.funs = toupper) %>%
      select(
        `NPI NUMBER` = RESULTS.NUMBER,-COUNTRY_CODE,-COUNTRY_NAME,-ADDRESS_PURPOSE,-ADDRESS_TYPE,`CMS REF ADDRESS 1` = ADDRESS_1,`CMS REF ADDRESS 2` = ADDRESS_2,`CMS REF CITY` = CITY,`CMS REF STATE` = STATE,`CMS REF ZIP` = POSTAL_CODE
      )
  }
}

然后我将此函数应用于上述 NPI 值的数据框：

out <- apply(npi_values,1,getNPI)

当我将它应用到我的真实数据集时，您可以在下面看到错误情况被转换为字符，即使我指定了一个大小为 1 行 x 6 列的数据框

根据@akrun 的反馈，我修改了我的 apply 语句，将 getNPI 函数包含在一个列表中，见下文：

out <- apply(npi_values,function(x) list(getNPI(x)))

out 的结构现在如下所示：

str(out)
List of 3
 $ :List of 1
  ..$ : tibble [1 × 6] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
  .. ..$ NPI NUMBER       : int 1598727430
  .. ..$ CMS REF ADDRESS 1: chr "PO Box 17567"
  .. ..$ CMS REF ADDRESS 2: chr ""
  .. ..$ CMS REF CITY     : chr "PENSACOLA"
  .. ..$ CMS REF STATE    : chr "FL"
  .. ..$ CMS REF ZIP      : chr "325227567"
 $ :List of 1
  ..$ : tibble [1 × 6] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
  .. ..$ NPI NUMBER       : int 1083632731
  .. ..$ CMS REF ADDRESS 1: chr "PO Box 17326"
  .. ..$ CMS REF ADDRESS 2: chr ""
  .. ..$ CMS REF CITY     : chr "DENVER"
  .. ..$ CMS REF STATE    : chr "CO"
  .. ..$ CMS REF ZIP      : chr "802170326"
 $ :List of 1
  ..$ : Named num 1.71e+09
  .. ..- attr(*,"names")= chr "values"

当我尝试将这些列表折叠为 3 行 x 6 列的数据框时，最后一种情况（错误情况）进入了不需要的第 7 列。我希望将 3 个案例的值存储在第一列中，其余值用 NA 填充。

预期结果：

`NPI NUMBER` <- c(1598727430,1710983663)
`CMS REF ADDRESS 1` <- c("PO Box 17567","PO Box 17326",NA)
`CMS REF ADDRESS 2` <- c("","",NA)
`CMS REF CITY` <- c("PENSACOLA","DENVER",NA)
`CMS REF STATE` <- c("FL","CO",NA)
`CMS REF ZIP` <- c("325227567","802170326",NA)
desired <- data.frame(`NPI NUMBER`,`CMS REF ADDRESS 1`,`CMS REF ADDRESS 2`,`CMS REF CITY`,`CMS REF STATE`,`CMS REF ZIP`)

解决方法

apply() 将其提供的对象转换为矩阵，其中所有值都必须属于同一类型。最通用的类​​型是字符，因此它会转换为字符，并且您的函数将应用于此字符矩阵。

见?apply()：

如果 X 不是数组而是具有非 null 值的类的对象（例如数据框），则尝试通过 as.matrix 将其强制转换为二维数组（例如,数据框) 或通过 as.array。

,

事实证明，我需要在 if else 语句的 # CREATE A FUNCTION TO PULL NPI INFORMATION FROM THE NPI REGISTRY getNPI <- function(object) { request <- httr::GET( url = path,query = list( version = "2.0",number = object ) ) Sys.sleep(0.25) warn_for_status(request) npi_details <- content(request,as = "text",encoding = "UTF-8" ) %>% fromJSON(.,flatten = TRUE ) %>% data.frame() # IF THE API THROWS BACK A RESULT WHERE THE COLUMN NAMES CONTAIN 'ERROR' # THEN ASSIGN ALL THE ROW VALUES TO NA AND ADD THE NPI VALUE TO THE FIRST # COLUMN if (any(grepl("ERROR",toupper(colnames(npi_details))))) { npi_details <- as.data.frame(matrix("error",ncol = 6,nrow = 1),stringsAsFactors = FALSE) %>% dplyr::rename( `NPI NUMBER` = V1,`CMS REF ADDRESS 1` = V2,`CMS REF ADDRESS 2` = V3,`CMS REF CITY` = V4,`CMS REF STATE` = V5,`CMS REF ZIP` = V6 ) %>% as_tibble() npi_details[1,1] <- as.character(object) return(npi_details) # ELSE IF THE DATA FRAME DOES NOT CONTAIN 'ERROR' THEN RUN THIS CHUNK } else { select(npi_details,contains(c("addresses","number"))) %>% unnest(c(contains("address"))) %>% filter(address_purpose == "MAILING") %>% rename_all(.funs = toupper) %>% select( `NPI NUMBER` = RESULTS.NUMBER,-COUNTRY_CODE,-COUNTRY_NAME,-ADDRESS_PURPOSE,-ADDRESS_TYPE,`CMS REF ADDRESS 1` = ADDRESS_1,`CMS REF ADDRESS 2` = ADDRESS_2,`CMS REF CITY` = CITY,`CMS REF STATE` = STATE,`CMS REF ZIP` = POSTAL_CODE ) %>% mutate(`NPI NUMBER` = as.character(`NPI NUMBER`)) } } 部分中返回 npi_details 的值，以保持我为错误情况创建的 tibble 周围的工作！

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