如何解决argparse 在 bash 命令中处理字符串和空格
我有一个 bash 作业要在 HPC 集群上运行。在我的 bash 脚本中,我使用了作业数组,因此我不会为要提交的每个作业编写单独的脚本。为提高效率,我将所有要执行的命令(数组中的每个作业 1 个命令)存储在 .txt
文件中,如下所示:
python mybashtest.py --fname 'Sofia' --lname 'Ghnam'
python mybashtest.py --fname 'Loulou' --lname 'Ghnam'
python mybashtest.py --fname 'Leen' --lname 'hkg02'
python mybashtest.py --fname 'Leen Khaled' --lname 'Gh'
我使用 python 的 argparse
来解析参数。这是我的python脚本:
import argparse
parser = argparse.ArgumentParser(description='My script')
parser.add_argument('--fname',type=str,default='')
parser.add_argument('--lname',default='')
parsed_args = parser.parse_args()
if __name__ == '__main__':
print(parsed_args.fname + " " + parsed_args.lname)
这是我用来运行作业数组的 shell 脚本:
#!/usr/bin/env bash
#SBATCH --job-name=all_jobs
#SBATCH --account=hkg02
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --array=1-3
module load python/3
# Print the task id.
echo "My SLURM_ARRAY_TASK_ID: " $SLURM_ARRAY_TASK_ID
# here the head -n $SLURM_ARRAY_TASK_ID reads the first n lines
# from the txt file of job command,the # tail -n 1 takes the last line of those.
# A simple trick to associate the Job array number
# with the appropriate line number in the txt file of command
srun $(head -n $SLURM_ARRAY_TASK_ID jobstest.txt | tail -n 1)
我有以下两个问题:
- 我的程序的输出如下(以第一份工作为例)
我不希望My SLURM_ARRAY_TASK_ID: 1 'Sofia' 'Ghnam'
''
成为打印输出的一部分。我不确定他们为什么会出现; 通常我在''
中传递任何字符串,因为字符串可能有空格。什么时候 发生这种情况,请参阅第二个要点: - 在最后的工作中,我传递的字符串在
--fname 'Leen Khaled'
之间有间隔,出现以下错误
我的 SLURM_ARRAY_TASK_ID:4 用法:mybashtest.py [-h] [--fname FNAME] [--lname LNAME] mybashtest.py:错误:无法识别的参数:Khaled' srun: 错误: onode08: 任务 0: 以退出代码 2 退出 3. 列表项
解决方法
经过几天的尝试解决这个问题,我做了以下事情:
- 为了解决问题 1,bash 按原样采用 没有空格 的字符串,因此无需将它们包含在双引号
""
或单引号''
中 - 为了解决问题 2,事实证明为了让 bash 接受带空格的字符串,我们必须将这些字符串初始化为变量,然后适当地使用它们,如下所示:
#!/usr/bin/env bash
#SBATCH --job-name=all_jobs
#SBATCH --account=hkg02
#SBATCH --nodes=1
var1="Leen Khaled"
module load python/3
python mybashtest.py --fname "${var1}" --lname Gh
这将输出:
Leen Khaled Gh
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