如何解决估计读取中碱基子集的参考编辑距离bam 文件
我对 bam/sam 文件很陌生,但我想估计到参考 (NM) 的编辑距离,不是在我的所有读取长度上,而是在每次读取的碱基子集上。 想象一下,我已经读取了 100 bp 的长度,实际上我有每个读取的所有长度的编辑距离,但我想估计更短的碱基部分的 NM,假设每个读取有 20 个碱基。 有没有办法做到这一点? 我想知道是否可以“削减”MD并通过samtools重新计算NM,但我没有任何关于如何执行的线索。 有没有人有一些建议? 非常感谢
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