如何解决bash PBS 作业中的 Python 版本
我是生物学家，所以如果这是一个非常基本的问题并且我无法使用正确的术语，我真的很抱歉。
我必须启动一个 PBS 作业，其中包含一个 Bash 脚本，我在其中启动了 Snakemake 工作流程。
#!/usr/bin/bash
# -- coding: utf-8 --
#PBS -q blade
#PBS -N analysis
#PBS -l nodes=1:ppn=12,mem=28gb,walltime=96:00:00
#set -o errexit
#set -o nounset
#set -o pipefail
#set -o xtrace
. /etc/profile.d/spack.sh
. ${HOME}/.bashrc
cd ~/Documents/Analysis
mkdir results
conda activate struo2
snakemake --use-conda --cores 10
conda deactivate
有一些 Bash 命令，例如 cd 和 mkdir，所以我选择了 shebang #!/usr/bin/bash。在后面的步骤中，我启动了一个 Snakemake 工作流，并得到错误 UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other，我相信这是因为 Snakefile 启动的程序需要 Python 2.7，而默认为 3.6。
我知道我们可以在shebang中指定Python版本，例如#!/usr/bin/python2.7，但是由于这些命令要在Bash中运行，我认为这不合适。此外，我在实验室的计算机上工作，所以我不能更改默认设置，我没有超级用户权限。
版权声明：本文内容由互联网用户自发贡献，该文观点与技术仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容， 请发送邮件至 dio@foxmail.com 举报，一经查实，本站将立刻删除。
