如何解决蛇形规则不会运行完整的命令
我正在研究这个蛇形管道,其中最后一条规则如下所示:
rule RunCodeml:
input:
'{ProjectFolder}/{Fastas}/codeml.ctl'
output:
'{ProjectFolder}/{Fastas}/codeml.out'
shell:
'codeml {input}'
这条规则没有运行,错误似乎是程序codeml找不到.ctl文件,因为它查找的路径不完整:'/work_beegfs/sunam133/Anas_plasmids/Phylo_chromosome/Acinet_only/Klebs_Esc_SCUG/cluster_536/共' 虽然命令看起来是正确的:
shell:
codeml /work_beegfs/sunam133/Anas_plasmids/Phylo_chromosome/Acinet_only/Klebs_Esc_SCUG/cluster_536/codeml.ctl
(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)'
这里是使用 -p 选项运行的输出:
error when opening file /work_beegfs/sunam133/Anas_plasmids/Phylo_chromosome/Acinet_only/Klebs_Esc_SCUG/cluster_1083/co
tell me the full path-name of the file? Can't find the file. I give up.
我觉得这种行为很奇怪,我无法弄清楚发生了什么。任何帮助,将不胜感激。 谢谢! D.
解决方法
好的,所以问题不是snakemake而是我正在调用的程序(codeml),它受到作为控制文件路径的字符串长度的限制。
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