如何解决如何在不使用 cd 的情况下更改 Snakemake 中的输出目录
我正在尝试使用 Azure Blob 存储在 Kubernetes 上运行 GiRaF (https://github.com/sdwfrost/giraf) - 这不是我的代码,我刚刚修复了一些错误,编写了一个 Dockerfile 和一个测试 Snakefile。我想重复运行,所以我的本地文件系统解决方案在这里:
# Set number of repeats
N = 2
def repeat_runs():
files=[]
for i in range(0,N,1):
files.append("run_"+str(i+1)+"/left-right_report")
return files
rule all:
input:
repeat_runs()
rule giraf:
input:
"{r}/in.giraf"
output:
"{r}/left-right_report"
params:
infile="in.giraf"
shell:
"cd {wildcards.r};giraf {params.infile}"
rule copy_infile:
input:
"in.giraf"
output:
"{r}/in.giraf"
shell:
"cp {input} {output}"
但是,我无法使用 Azure Blob 存储像这样更改目录 - 但是我可以创建和复制文件。有没有人遇到过这样的事情? Giraf 实际上是多个子程序,因此为输出目录添加参数会更耗时。
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