如何解决无需移动到新目录即可更改目录和文件名
我正在尝试重命名文件夹名称和其中的文件,就像在这个问题 (Change the directory name and fastq file name with snakemake) 中一样。但这会生成名为 TAG_1
和 TAG_2
的新文件,并移动其中包含重命名的 fastq
文件的 fastq.gz
文件夹。我想要做的是重命名文件夹。当我使用一小部分工作时,它可以工作,但不能在实际文件夹上工作,我认为这可能是权限问题,因为是另一个人创建的文件夹。有没有可能解决这个问题?
workdir: "/path/to/workdir/"
import pandas as pd
from io import StringIO
sample_file = StringIO("""fastq sampleID
BOB_1234/fastq/BOB_1234.R1.fastq.gz TAG_1/fastq/TAG_1.R1.fastq.gz
BOB_1234/fastq/BOB_1234.R2.fastq.gz TAG_1/fastq/TAG_1.R2.fastq.gz
BOB_3421/fastq/BOB_3421.R1.fastq.gz TAG_2/fastq/TAG_2.R1.fastq.gz
BOB_3421/fastq/BOB_3421.R2.fastq.gz TAG_2/fastq/TAG_2.R2.fastq.gz""")
df = pd.read_table(sample_file,sep="\s+",header=0)
sampleID = df.sampleID
fastq = df.fastq
rule all:
input:
expand("{sample}",sample=df.sampleID)
rule move_and_rename_fastqs:
input: fastq = lambda w: df[df.sampleID == w.sample].fastq.tolist()
output: "{sample}"
shell:
"""mv {input.fastq} {output}"""
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