“选择要执行的作业...”字面上永远运行

如何解决“选择要执行的作业...”字面上永远运行

我有一个相当复杂的工作流程，包含 750 个样本和大约 18.000 个作业，起初snakenmake 运行得很好，但在大约 4.000 个作业之后它突然冻结，并在重新启动时挂起“选择要执行的作业...”24 小时，之后我终止了它。不过，最初的 DAG 构建大约需要 2-3 分钟。

当我使用 --verbose 选项运行 snakemake（v5.32.0 和 v5.32.1）时，我得到了大量与此类似的行：

Cbc0010I After 600 nodes,304 on tree,-52534.791 best solution,best possible -52538.194 (7.08 seconds

我试图删除 .snakemake 文件夹，希望那里发生了一些事情，但不幸的是，事实并非如此。对我来说，CBC MILP 求解器似乎并没有收敛，它不断地将最佳和最佳解决方案更紧密地结合在一起！？

现在我不知道如何继续和解决问题了。我可能的解决方案是以某种方式改变收敛标准或求解器本身。在手册中，我找到了选项 --scheduler-ilp-solver，但它显然只有一个选项，即默认的 COIN_CMD。

在终止（较短的）运行后，我得到了这个详细的输出

Result - User ctrl-cuser ctrl-c

Objective value:                52534.79114334
Upper bound:                    52538.202
Gap:                            -0.00
Enumerated nodes:               186926
Total iterations:               1807277
Time (cpu seconds):             1181.97
Time (Wallclock seconds):       1188.11

接下来我将尝试限制工作流程中的样本数量，看看这是否有任何影响（对于其他有 500 个样本的数据集，它运行没有任何问题（使用 5.24 版的蛇形模型），但是 DAG 构建需要一些小时。因此，我不是很想尝试旧版本。）

因此，非常感谢您对如何解决问题的任何想法。另外，我什至不知道，如果这是一个错误！？

EDIT 实际上，我认为这是当前版本中的一个错误，我将 Snakemake 降级回 5.24 版，它在 10 分钟内创建了 DAG 并开始运行管道。因此，显然最新版本存在一些错误。我会回答我自己的问题，因为降级到旧版本解决了这个问题......

解决方法

实际上，我认为这是当前snakemake版本中的一个错误，我将Snakemake降级回5.24版本，它在10分钟内创建了DAG并开始运行管道。因此，显然最新版本存在一些错误。我会回答我自己的问题，因为降级到旧版本解决了这个问题......

我也在较小的工作流程（总共约 1500 个作业）和 6.0.2 版本的 snakemake 中遇到了这个问题。当工作流卡住时，大约有一半的作业已经运行，并且拒绝运行更多作业。看起来这是 ILP 求解器特有的问题，因为当我使用 --scheduler greedy 重新运行时，它运行良好。