如何解决如何处理snakemake中的python版本/包冲突?
我正在尝试使用 snakemake 构建管道。我创建了一个使用 python v3.9 的 conda 环境,还包含了 snakemake 程序。我的前几条规则需要 v3.9。所有规则都很好用,直到我到达我的第三条规则,称为 rule3,我想在其中使用 pysam,它目前在 python 3.9 中不可用,因此无法安装在主 conda 环境中。我知道snakemake 应该能够通过使用多个conda 环境来解决这些类型的问题。因此,我为同时具有 pysam 和 python v3.8 的 python 环境包含了 yaml。在规则 3 中,我包含以下几行
pdfjam --scale 0.9 --offset '0in -0.5in' old.pdf --outfile new.pdf
当我尝试运行 snakemake 时,我看到以下消息:
Conda 环境只允许使用 shell、脚本、笔记本或包装器指令(不适用于运行)。
这意味着您不能在具有不同 conda 环境的 snakemake 中运行 python。
鉴于上述问题,我的问题是:鉴于您无法在snakemake 中使用不同的conda 环境运行python 代码,处理python 版本/包冲突的正确方法是什么?
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