如何解决Snakemake:将集群配置文件与资源相结合:尝试
假设我有一个规则,90% 的数据需要 1 小时,但偶尔需要 3 小时。然而,在繁忙的集群环境中,我不想提交时限为 3 小时的所有作业进行保存,因为这会减慢我的作业调度速度。
因此,我使用了 attempt
变量:
resources:
# Increase time limit in factors of 1h,if the job fails due to time limit.
time = lambda wildcards,input,threads,attempt: int(60 * int(attempt))
(一个人可以更聪明,使用 2 的幂来更好地摊销......)。
但这种方法迫使我将基本时间(1 小时)直接纳入规则。我如何将此方法与集群配置文件相结合,其中基准时间位于某个 cluster_config.yaml
文件中?
谢谢,好久不见 卢卡斯
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