有人能带我了解 plotMA 函数吗？

如何解决有人能带我了解 plotMA 函数吗？

这听起来有点愚蠢，但我是 R 的新手，我需要根据我获得的一些 DE-Seq 数据制作 MA Plot。

这是一些数据的示例：

基因名称	平均	log2foldchange	padj
dop-1	110.53	0.27	0.20
dop-2	208.23	0.36	0.04
dop-3	158.59	0.61	0.01

如果有人愿意指导我完成如何执行此操作的步骤，我将永远感激不尽。 我自己尝试过，但遇到了无数错误，例如这个：

.local(object,...) 中的错误： 当使用 data.frame 调用时，plotMA 期望数据框有 3 列，两个数字表示均值和对数倍数变化，逻辑列表示显着性。

任何帮助将不胜感激:)

亲切的问候， 山姆

解决方法

从 help("plotMA") 中，我们了解到 <Compile Include="Form1.cs"> <SubType>Form</SubType> </Compile> <Compile Include="Form1.Designer.cs"> <DependentUpon>Form1.cs</DependentUpon> </Compile> <Compile Include="Form1.Methods.Designer.cs" > <DependentUpon>Form1.cs</DependentUpon> </Compile> 需要一个恰好包含 3 列的 data.frame：均值、对数倍数变化和一个表示重要性的逻辑列。

您有平均值、对数倍数变化和调整后的 p 值。所以你需要做一个重要性列：

plotMA()

现在您可以将这三列传递给 data$sig <- data$padj < 0.05 ：

plotMA

样本数据：

library(DESeq2)
plotMA(data[,c("Mean","log2foldchange","sig")])