如何解决奇点运行容器 - 被拒绝运行蛇形命令
我正在尝试将我的蛇形管道包装到一个奇点容器中。 但是当我想运行我的容器时,我什至无法召唤snakemake。 在构建过程中,snakemake 在这里没有问题,我可以看到snakemake --version 打印。 但是当我运行我的奇点容器时......我有这个问题:
/.singularity.d/runscript: 3: snakemake: Permission denied
这是重现错误的(最小)def 文件:
BootStrap: debootstrap
OSVersion: focal
MirrorURL: http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/
%runscript
snakemake --version
%post
apt-get -y install software-properties-common
add-apt-repository universe
apt update
apt-get -y install python3-pip
update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.8 2
python --version
python -m pip install --user --upgrade cutadapt
python -m pip install --user --upgrade snakemake
%environment
PATH="/root/.local/bin/:$PATH"
我尝试了各种方法,例如(有时很尴尬,但我很绝望啊):
- chmod 777 /root/.local/bin/snakemake
- 像这样调用snakemake:/root/.local/bin/snakemake
我使用的是奇点 3.7.0 版
有人可以帮我吗? 祝你有美好的一天!!
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