如何解决在 Nextflow 和 Google Lifescience 中同时使用常规和抢占式机器
考虑有三个进程,它们一个接一个地运行。第一个不能抢占,第二个可以抢占,第三个不能抢占。
我的配置如下:
google {
project = "cool-name"
region = "cool-region"
lifeSciences {
bootdiskSize = "200 GB"
debug = true
preemptible = false
}
}
像这样使用preemptible = false
,三个进程都不能被抢占。是否可以以某种方式使第二个进程可抢占?
解决方法
我认为您应该能够使用 process selector(即 withName
或 withLabel
)为您的流程指定所需的配置选项:
process {
withName: 'second_process' {
google.lifeSciences.preemptible = true
}
}
这应该覆盖您在配置中为第二个进程指定的“默认”值。
这是一个示例,仅使用 echo 指令:
test.nf
的内容:
nextflow.enable.dsl=2
process second_process {
script:
"echo HelloWorld"
}
workflow {
second_process()
}
nextflow.config
的内容:
process {
withName: 'second_process' {
echo = true
}
}
运行使用:
nextflow run -ansi-log false test.nf
示例输出:
N E X T F L O W ~ version 20.10.0
Launching `test.nf` [nauseous_linnaeus] - revision: 6c35b71798
[78/cc161d] Submitted process > second_process
HelloWorld
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